Diferenca kryesore – AFLP vs RFLP
Studimet e ADN-së kanë një rëndësi të jashtëzakonshme në kuptimin dhe përcaktimin e marrëdhënieve filogjenetike, diagnostikimin e sëmundjeve gjenetike dhe hartimin e gjenomave të organizmit. Disa teknika të lidhura me analizën e ADN-së përdoren gjithashtu për identifikimin e një gjeni të veçantë ose të një sekuence ADN-je në një grup ADN-je të panjohur. Ata njihen si shënues molekularë. Polimorfizmi i gjatësisë së fragmentit të përforcuar (AFLP) dhe polimorfizmi i gjatësisë së fragmentit të kufizuar (RFLP) janë dy shënues të tillë molekularë (metoda) të zhvilluara në biologjinë molekulare për të zbuluar variacionet gjenetike midis organizmave. Të dyja metodat janë po aq të rëndësishme dhe kanë avantazhe dhe disavantazhe. Dallimi kryesor midis AFLP dhe RFLP është se AFLP përfshin amplifikimin selektiv PCR të ADN-së së tretur ndërsa RFLP nuk përfshin amplifikimin selektiv PCR të fragmenteve të ADN-së.
Çfarë është AFLP?
AFLP (Polimorfizmi i gjatësisë së fragmentit të përforcuar) është një mjet i rëndësishëm në biologjinë molekulare dhe përdoret gjerësisht në analizën e variacionit gjenetik. AFLP bazohet në amplifikimin specifik PCR të ADN-së gjenomike të fragmentuar dhe zbulimin e polimorfizmit me anë të autoradiografëve nëpërmjet elektroforezës me xhel. AFLP kontribuon gjerësisht në identifikimin e dallimeve gjenetike në shtamet ose speciet e lidhura ngushtë të mbretërive të ndryshme duke përfshirë bimët, kafshët, bakteret dhe kërpudhat. AFLP mund të kryhet me sasi të vogla të mostrave të panjohura të ADN-së. Nuk kërkon njohuri paraprake të sekuencës dhe dizajnimin e sondave.
Hapat e AFLP
- Izolimi i ADN-së
- Tretja e ADN-së me endonukleaza restriktiv
- Lidhja e fragmenteve të kufizuara të ADN-së me adaptorë
- Amplifikimi selektiv i fragmenteve me vende specifike kufizimi
- Ndarja e produkteve PCR me elektroforezë xhel
- Vizualizimi i matricës së xhelit nga autoradiografi
AFLP është një metodë më e ndjeshme dhe e riprodhueshme e cila mund të përdoret në profilizimin e ADN-së të disa taksoneve duke përfshirë kërpudhat, bakteret, bimët dhe kafshët pa njohuri paraprake për sekuencat e ADN-së. Ndihmon në identifikimin e dallimeve të vogla midis individëve në popullata për shkak të natyrës së tij shumë të ndjeshme. AFLP është gjithashtu i rëndësishëm në hartën e gjenomit, studimet mjekoligjore, testimin prindëror, gjenotipizimin, etj.
Figura 01: AFLP
Çfarë është RFLP?
Polimorfizmat e gjatësisë së fragmentit të kufizuar (RFLP) është një teknikë që përdoret për të zbuluar variacionet gjenetike në sekuencat homologe të ADN-së. Është metoda e parë e zhvilluar për profilizimin e ADN-së. Organizmat kanë gjurmë gishtash të ADN-së ose profile të ADN-së unike. RFLP shërben si një mjet i rëndësishëm për të analizuar variacionin midis profileve të ADN-së të organizmave intraspecifik ose të lidhur ngushtë meqenëse sekuencat homologe kanë vende (lokacione) të ndryshme kufizuese që janë unike për një organizëm të caktuar. Kur ADN homologe tretet me endonukleaza të kufizuara specifike, ajo do të rezultojë në profile të ndryshme të ADN-së që janë unike për çdo individ. Prandaj, parimi kryesor i kësaj metode është zbulimi i variacionit gjenetik midis organizmave duke kufizuar ADN-në homologe me enzima specifike kufizuese dhe analiza e polimorfizmit të gjatësisë së fragmentit nëpërmjet elektroforezës me xhel dhe blotting. Modelet e njollosjes janë unike për çdo organizëm dhe karakterizojnë gjenotipet specifike.
Hapat e RFLP
- Izolimi i sasisë së mjaftueshme të ADN-së nga mostrat
- Fragmentimi i mostrave të ADN-së me endonukleaza të kufizuara specifike në sekuencë të shkurtër
- Ndarja e fragmenteve të rezultuara me gjatësi të ndryshme me elektroforezë me xhel agarozë.
- Transferimi i profilit të xhelit në një membranë me blotting Southern
- Hibridizimi i membranës me sonda të etiketuara dhe analiza e polimorfizmit të gjatësisë së fragmentit në çdo profil
RFLP është një teknikë shumë e rëndësishme në zbulimin e trashëgimisë së sëmundjes dhe gjetjen e rrezikut të shfaqjes së sëmundjes midis anëtarëve të familjes. RFLP përdoret gjithashtu shpesh në hartën e gjenomit, identifikimin e kriminelëve në mjekësi ligjore, testimin e atësisë, etj. RFLP gjithashtu ka disa kufizime. RFLP kërkon njohuri paraprake të të dhënave të sekuencës për të dizajnuar sonda për hibridizim. Ai gjithashtu kërkon izolimin e sasisë së mjaftueshme të ADN-së nga kampioni për t'u analizuar, gjë që është e vështirë në studimet mjeko-ligjore.
Figura 01: Hartimi RRFLP
Cili është ndryshimi midis AFLP dhe RFLP?
ALFP vs RFLP |
|
| AFLP përfshin amplifikimin selektiv PCR të ADN-së së tretur. | RFLP nuk përfshin PCR përveç nëse është PCR-RFLP. |
| Njohuri për sekuencën | |
| Njohuritë e sekuencës së mëparshme nuk kërkohet. | Njohuri paraprake për sekuencën kërkohet për të projektuar sondat RFLP. |
| Besueshmëri | |
| Kjo është më e besueshme. | Kjo është më pak e besueshme në krahasim me AFLP. |
| Efikasiteti në zbulimin e polimorfizmit | |
| Kjo ka një efikasitet më të lartë në zbulimin e polimorfizmit sesa RFLP. | Kjo është më pak efikase në krahasim me AFLP. |
| Kosto | |
| Kjo është pak e shtrenjtë në krahasim me RFLP. | Kjo është më pak e shtrenjtë në krahasim me AFLP. |
| Aplikacione | |
| AFLP janë aplikuar në hartën e gjenomit, gjurmët e gishtave të ADN-së, studimet e diversitetit gjenetik, testimin e atësisë dhe mjekësinë ligjore | Analiza RFLP është një mjet i rëndësishëm në hartën e gjenomit, lokalizimin e gjeneve për çrregullimet gjenetike, përcaktimin e rrezikut për sëmundje dhe testimin e atësisë. |
Përmbledhje – AFLP vs RFLP
AFLP dhe RFLP janë dy teknika të përdorura si shënues gjenetikë për vlerësimin e diversitetit dhe vlerësimin e marrëdhënieve gjenetike në biologjinë molekulare. AFLP shërben si një metodë efikase dhe e ndjeshme për zbulimin e polimorfizmit gjenetik midis organizmave sesa RFLP. Megjithatë, edhe pse të dyja këto metoda kanë efikasitete të ndryshme në zbulimin e variacioneve gjenetike, ato ende përdoren për gjurmët e gishtave të ADN-së dhe diagnostikimin e sëmundjes.
