Dallimi kryesor midis dNTP dhe ddNTP është se dNTP ose deoksiribonukleotidet janë blloqet ndërtuese të ADN-së dhe kanë një grup 3ʹ-OH në strukturën e sheqerit pentozë ndërsa ddNTP ose trifosfatet didoksinukleozide janë nukleotide që u mungon grupi 3ʹ-OH dhe ato janë përdorur në teknikën e sekuencës së ADN-së didoksi Sanger për të prodhuar sekuenca të ADN-së me gjatësi të ndryshme.
dNTP dhe ddNTP janë nukleotide. dNTP i referohet nukleotideve të deoksiribozës. Ato janë blloqet ndërtuese të ADN-së. dNTP-të përdoren për të sintetizuar ADN-në. dNTP, nga ana tjetër, i referohet trifosfateve didoksinukleozide. Ato përdoren në sekuencën Sanger për të përfunduar sintezën e ADN-së në gjatësi të ndryshme. Atyre u mungon grupi OH në pozicionin 3'. Një hidrogjen është i pranishëm në pozicionin 3ʹ në vend të grupit OH. Prandaj, ddNTP-të nuk janë në gjendje të formojnë një lidhje fosfodiesterike me nukleotidin tjetër. dNTP është në gjendje të kryejë sintezën e ADN-së, ndërsa ddNTP është në gjendje të përfundojë polimerizimin e ADN-së.
Çfarë është dNTP?
dNTP qëndron për nukleotid deoksiribozë ose deoksiribonukleotid. Është blloku ndërtues i ADN-së. Ekzistojnë katër lloje të dNTP-ve. Ato janë dATP, dTTP, dCTP dhe dGTP. Emërtohen sipas bazave azotike purine ose pirimidine: adeninë (A), guaninë (G), timinë (T) dhe citozinë (C).
Figura 01: dNTP
Adenina dhe guanina janë baza purine ndërsa timina dhe citozina janë baza pirimidine. Sheqeri pentozë i dNTP është deoksiriboza. Ekziston edhe një grup fosfati. Prandaj, dNTP përbëhet nga tre përbërës: një bazë azotike, sheqer deoksiriboz dhe një grup fosfat. Këto dNTP kombinohen me njëri-tjetrin nëpërmjet lidhjeve fosfodiesterike. Në dNTP, ekziston një grup OH i bashkangjitur në pozicionin 3' të sheqerit pentozë, i cili kërkohet për të formuar një lidhje me grupin fosfat të lidhur me karbonin 5' të sheqerit të nukleotidit tjetër. Meqenëse të gjitha dNTP-të kanë këtë grup 3ʹ-OH, ato janë të afta të sintetizojnë dhe zgjerojnë vargjet e ADN-së. Prandaj, dNTP vepron si njësia bazë përsëritëse e ADN-së dhe lëndës kimike të gjeneve. Sinteza e ADN-së vazhdon gjithmonë nga 5' në 3'.
Çfarë është DdNTP?
Sanger sekuenca është një metodë e gjeneratës së parë të sekuencës së ADN-së e zhvilluar nga Frederick Sanger dhe kolegjet e tij në 1977. Njihet gjithashtu si Sekuenca e Përfundimit të Zinxhirit ose Sekuenca Dideoksi pasi parimi bazë i kësaj metode është përfundimi i zinxhirit duke përdorur trifosfate didoksinukleozide (ddNTP). ddNTP-të janë nukleotide të përdorura në sekuencën Sanger. Sekuenca e Sanger bazohet në përfshirjen selektive të ddNTP-ve dhe përfundimin e sintezës së ADN-së gjatë replikimit in vitro të ADN-së. E veçanta e ddNTP-ve është se atyre u mungon grupi 3ʹ-OH në sheqerin pentozë për të vazhduar formimin e lidhjes fosfodiesterike midis grupit fosfat prej 5ʹ në nukleotidin ngjitur. Prandaj, sapo një ddNTP është ngjitur në fillesën e zgjatur, zgjatja e zinxhirit pushon dhe përfundon nga ajo pikë. ddNTP-të veprojnë si frenues që zgjasin zinxhirin e polimerazës së ADN-së gjatë metodës së renditjes Sanger.
Figura 02: ddNTP
Ka katër ddNTP: ddATP, ddCTP, ddGTP dhe ddTTP të përdorura në renditjen Sanger. Këto nukleotide ndalojnë procesin e riprodhimit të ADN-së kur ato inkorporohen në vargun në rritje të ADN-së. Si rezultat, sekuenca e Sanger prodhon gjatësi të ndryshme të ADN-së së shkurtër. Elektroforeza e xhelit kapilar përdoret për të organizuar këto fije të shkurtra të ADN-së sipas madhësive të tyre në një xhel. ddNTP-të janë etiketuar në mënyrë radioaktive ose fluoreshente me ngjyra të ndryshme për lehtësinë e analizimit të sekuencës së ADN-së. Duke analizuar xhelin, mund të përcaktohet sekuenca nukleotide e vargut të panjohur të ADN-së.
Cilat janë ngjashmëritë midis dNTP dhe DdNTP?
- Të dyja dNTP dhe ddNTP përdoren në renditjen Sanger.
- Ka katër lloje dNTP dhe ddNTP.
- Ato përbëhen nga tre përbërës: një bazë azotike, grupe të sheqerit deoksiriboz dhe fosfat.
Cili është ndryshimi midis dNTP dhe DdNTP?
dNTP është një nga katër llojet e deoksiribonukleotideve që janë blloqe ndërtuese të ADN-së. ddNTP është një nga katër llojet e trifosfateve didoksiribonukleozide të përdorura në teknikën e sekuencës Sanger. dNTP ka një grup 3ʹ-OH në sheqerin pentozë ndërsa ddNTP i mungon grupi 3ʹ-OH në sheqerin pentozë. Kështu, ky është ndryshimi kryesor midis dNTP dhe ddNTP. Për më tepër, dNTP-të kryejnë polimerizimin e ADN-së ndërsa ddNTP-të përfundojnë polimerizimin e ADN-së. Prandaj, ky është një tjetër ndryshim i madh midis dNTP dhe ddNTP.
Infografia e mëposhtme liston ndryshimet midis dNTP dhe ddNTP në formë tabelare.
Përmbledhje – dNTP vs DdNTP
DNTP-të normale janë blloqe ndërtuese të ADN-së ndërsa ddNTP-të janë nukleotide të përdorura në teknikën e sekuencës Sanger. dNTP ka 3ʹ-OH ndërsa ddNTP i mungon 3ʹ-OH. Kështu, ky është ndryshimi kryesor midis dNTP dhe ddNTP. Për më tepër, dNTP mund të sintetizojë një varg ADN-je ndërsa ddNTP mund të përfundojë polimerizimin e ADN-së. Prandaj, ddNTP-të përdoren në sekuencën Sanger për të prodhuar vargje të ndryshme të ADN-së me gjatësi të ndryshme. Gjatë sekuencës Sanger, përfshihen edhe dNTP edhe ddNTP.
