Dallimi kryesor – Xhel për grumbullim kundër xhelit ndarës
Termat xhel grumbullues dhe xhel ndarës përdoren në shpjegimin e teknikës SDS-PAGE. SDS-PAGE ose elektroforeza me xhel dodecil sulfate-polyakrilamid natriumi është një teknikë laboratorike që përdoret për të ndarë molekulat e proteinave bazuar në peshën e tyre molekulare. Teoria prapa teknikës është se proteinat me pesha të ndryshme molekulare tregojnë shkallë të ndryshme migrimi; molekulat me peshë të ulët molekulare migrojnë më shpejt, ndërsa molekulat me peshë të lartë molekulare migrojnë ngadalë. Mjeti për migrim është një xhel. Ekzistojnë dy lloje të xhelit të emërtuar si xhel grumbullues dhe xhel ndarës. Dallimi kryesor midis xhelit të grumbullimit dhe xhelit ndarës është se pH i xhelit grumbullues është 6.8 ndërsa pH i xhelit ndarës është 8.8.
Çfarë është Stacking Gel?
Xhel stacking është një xhel poliakrilamid me përqendrim të ulët që vendoset në majë të xhelit tretës më të koncentruar (xheli ndarës) në teknikën SDS-PAGE. Xheli i grumbullimit përdoret për të përmirësuar rezolucionin e elektroforezës. Rezolucioni rritet për shkak të ndryshimit midis përqendrimeve të xhelit të grumbullimit dhe xhelit tretës që ndikojnë në proteinat në mostër. Meqenëse përqendrimi i poliakrilamidit në xhelin e grumbullimit është i ulët, madhësia e poreve është më e lartë. Kjo gjithashtu ndihmon në rritjen e ndarjes.
Xheli i grumbullimit është një xhel poliakrilamid i lirshëm me pore të mëdha prej rreth 7% poliakrilamid. Këto pore nuk veprojnë si një pengesë e konsiderueshme për molekulat e mëdha të proteinave. Prandaj ky xhel ndikon pak në lëvizshmërinë e atyre proteinave. Kjo bën ndarjen sipas lëvizshmërisë dhe madhësisë së proteinave duke i përqendruar ato në mes dy xhel.
Figura 01: Xhel akrilamid SDS-PAGE
PH e xhelit të grumbullimit është 6.8. PH i tij është acid se ai i xhelit që zgjidh me 2 njësi pH. Ky pH nënkupton një forcë më të ulët jonike, pra një rezistencë më të lartë elektrike. Kjo provokon lëvizshmërinë e proteinave sesa grimcat e tjera të ngarkuara të pranishme në xhel.
Çfarë është Xhel Ndarës?
Xhel ndarës ose xhel zgjidhës i një teknike SDS-PAGE është një xhel poliakrilamid shumë i përqendruar që vendoset në majë të xhelit të grumbullimit me koncentrim të ulët. Xheli ndarës përmban një sasi të lartë poliakrilamide (10%). PH i këtij xheli mbahet si pH=8.8, që është një nivel pH më i lartë se ai i xhelit të grumbullimit.
Figura 02: Një Aparat Elektroforeze Xhel
Kur molekulat e proteinave arrijnë në xhelin ndarës, migrimi i këtyre molekulave ngadalësohet sepse xhel ndarës është një xhel me përqendrim të lartë me një madhësi të vogël pore që mund të veprojë si një pengesë e konsiderueshme për lëvizjen e molekulave të proteinave.. Ky ngadalësim lejon që proteinat e tjera po migrojnë ngadalë për t'u kapur, duke rezultuar në një brez të ngushtë e të përqendruar midis dy xhelit.
Cila është marrëdhënia midis xhelit të grumbullimit dhe xhelit ndarës?
Të dy llojet e Xhelit për Stacking dhe Xhel Ndarës përdoren në të njëjtin aparat
Cili është ndryshimi midis xhelit të grumbullimit dhe xhelit ndarës?
Xhel grumbullues vs xhel ndarës |
|
| Xhel stacking është një xhel poliakrilamid me përqendrim të ulët që vendoset në majë të xhelit zgjidhës më të koncentruar (xheli ndarës) në teknikën SDS-PAGE. | Xhel ndarës ose xhel zgjidhës i një teknike SDS-PAGE është një xhel poliakrilamid shumë i përqendruar që vendoset në majë të një xheli me koncentrim të ulët. |
| Vendosja | |
| Xhel grumbullues vendoset në xhelin zgjidhës (ndarës). | Xhel ndarës vendoset në fund të enës që përdoret për elektroforezën e xhelit. |
| Përqendrimi | |
| Përqendrimi i xhelit të grumbullimit është i lartë. | Përqendrimi i xhelit ndarës është i ulët. |
| Përmbajtja e poliakrilamidit | |
| Xhel grumbullues përmban rreth 7% poliakrilamid. | Xhel ndarës përmban rreth 10% poliakrilamid. |
| pH | |
| PH e xhelit të grumbullimit është 6,8. | PH e xhelit ndarës është 8.8. |
| Madhësia e poreve | |
| Përmasat e poreve të mëdha janë të pranishme në xhelin grumbullues. | Përmasat e vogla të poreve janë të pranishme në xhelin ndarës. |
| Rezolucioni | |
| Xheli i grumbullimit jep rezolucion më të mirë. | Xhel ndarës jep një rezolucion të dobët. |
Përmbledhje – Xhel për grumbullim kundër xhelit ndarës
Xhel grumbullues dhe xheli ndarës janë dy lloje xhelesh poliakrilamide që përdoren për ndarjen më të mirë të molekulave të proteinave në një kampion të caktuar. Dallimi midis xhelit të grumbullimit dhe xhelit ndarës është se pH e xhelit grumbullues është 6.8 ndërsa pH e xhelit ndarës është 8.8.
