Dallimi kryesor – Sonda vs Primer
Sonda molekulare është një fragment i vogël ADN ose ARN që njeh sekuencat plotësuese në ADN ose ARN dhe lejon identifikimin e sekuencës së synuar. Primeri është një shtrirje e vogël e ADN-së ose ARN-së e cila shërben si pikënisje për sintezën e ADN-së. Primerët dhe sondat hibridizohen me nukleotidet plotësuese të ADN-së së shabllonit ose ADN-së së synuar. Sidoqoftë, ndryshimi kryesor midis sondës dhe primerit është se primerët janë të nevojshëm për replikimin e ADN-së ndërsa sondat janë të nevojshme për zbulimin e sekuencave specifike në mostrën e ADN-së.
Çfarë është një sondë?
Sonda është një fragment i vogël i ADN-së ose ARN-së që përdoret për të zbuluar ADN-në ose ARN-në e synuar në kampion me hibridizimin molekular. Ata njihen gjithashtu si shënues molekularë. Gjatësia e sondës mund të ndryshojë (100 deri në 1000 baza), dhe nukleotidet e sondës janë plotësuese të pjesës së sekuencës së synuar. Për lehtësinë e zbulimit, sondat janë etiketuar me izotope radioaktive ose me ngjyra fluoreshente ose antitrupa. Sondat lidhen me bazat plotësuese të sekuencës së synuar dhe zbulojnë praninë e ADN-së ose ARN-së së synuar në mostër. Ekzistojnë dy metoda kryesore të etiketimit të sondave: etiketimi në fund dhe përkthimi i nofkës. Sondat kategorizohen në lloje të ndryshme duke përfshirë sondat e ADN-së, sondat ARN, sondat cDNa dhe sondat sintetike oligonukleotide, dhe ato përgatiten duke përdorur teknika të ndryshme.
Sondat janë mjete të rëndësishme në shumë fusha mikrobiale dhe molekulare si virologjia, patologjia mjekoligjore, testimi i atësisë, marrja e shenjave të ADN-së, zbulimi i sëmundjeve gjenetike, RFLP, citogjenetika molekulare, hibridizimi in situ, etj.
Figura 01: Sonda e etiketuar me fluoreshente e përdorur në FISH për zbulimin e patogjenit
Çfarë është një Primer?
Abetarja është një fragment i shkurtër i ADN-së ose ARN-së që shërben si iniciator për sintezën e ADN-së. Enzima e polimerazës së ADN-së shton nukleotide në grupin 3' OH të sekuencës së primerit dhe sintetizon vargun e ri plotësues të ADN-së shabllon. Primerat janë fragmente shumë të shkurtra me gjatësi nga 18 deri në 20 nukleotide. Ato sintetizohen kimikisht në laborator për amplifikimin in vitro të ADN-së (PCR). Primerët mund të kenë çdo sekuencë nukleotidesh pasi ato janë krijuar nga përdoruesi. Ato sintetizohen për t'u përshtatur me bazat plotësuese të modelit të ADN-së. Prandaj, mund të ketë çdo sekuencë nukleotidesh. Primerët janë të një rëndësie të madhe për replikimin e ADN-së pasi ADN polimeraza nuk mund të sintetizojë ADN-në e re pa një pjesë të ADN-së ekzistuese. Gjatë dizajnimit të primerëve për PCR, duhet të merren parasysh gjërat e mëposhtme:
- Primerët duhet të përmbajnë nukleotide plotësuese në skajin anësor të ADN-së që dëshiron të përforcohet.
- Abetaret duhet të kenë temperaturë shkrirjeje ndërmjet 55 – 65 0C
- Përmbajtja G dhe C duhet të jetë midis 50 dhe 60%.
Dy primerë përdoren në PCR si përpara dhe mbrapsht për të replikuar të dy vargjet e ADN-së së mostrës. Primerët zakonisht përdoren për të kryer PCR dhe sekuencën e ADN-së.
Figura 02: Pjekja e primerit në PCR
Cili është ndryshimi midis Probe dhe Primer?
Probe vs Primer |
|
| Sonda është një fragment i vogël i ADN/ARN-së që përdoret për të zbuluar praninë e sekuencës së synuar në një kampion me anë të hibridizimit molekular. | Abetarja është një shtrirje e vogël e ADN-së ose ARN-së që shërben si pikënisje për replikimin e ADN-së. |
| Funksion | |
| Kjo zbulon praninë e një sekuence specifike në kampionin e ADN-së ose ARN-së. | Kjo vepron si një pikënisje për sintezën e ADN-së. |
| Gjatësia | |
| Gjatësia mund të jetë në intervalin 100 – 1000 baza | Gjatësia është përgjithësisht rreth 18 – 20 baza |
| Lidhja me sekuencë plotësuese | |
| Sonda hibridizohet me bazat plotësuese të sekuencës së synuar | Abetarja e pjekjes me bazat plotësuese të vargjeve të ADN-së. |
| Etiketimi | |
| Sondat janë etiketuar për lehtësinë e zbulimit | Abetaret në përgjithësi nuk etiketohen |
| Përdor në PCR | |
| Sondat nuk përdoren në PCR | Primerët përdoren në PCR |
Përmbledhje – Probe vs Primer
Sonda është një fragment i vogël i sekuencës së ADN-së ose ARN-së që mund të hibridizohet me nukleotide plotësuese për të zbuluar një sekuencë të synuar në mostër. Sondat janë etiketuar në mënyrë radioaktive, imunologjike ose fluoreshente për të parë praninë e sekuencës së synuar. Primeri është një fragment shumë i vogël i ADN-së ose ARN-së që vepron si pikënisje për amplifikimin in vitro të ADN-së. ADN polimeraza identifikon primerin e grupit 3' OH dhe fillon ndërtimin e vargut të ri plotësues të shabllonit. Sondat dhe abetaret funksionojnë në mënyrë të ngjashme duke u hibridizuar me nukleotide plotësuese. Kështu, ndryshimi kryesor midis sondës dhe primerit është funksioni i tyre kryesor.
