Dallimi kryesor midis lidhjes molekulare dhe pikëzimit është se dokimi është një teknikë e përdorur për të përcaktuar afinitetin e lidhjes midis dy molekulave, ndërsa pikëzimi është një proces i vlerësimit të një pozicioni të veçantë duke numëruar numrin e ndërveprimeve të favorshme ndërmolekulare.
Termat docking molecular dhe scoring përdoren në fushën e modelimit molekular. Modelimi molekular është një teknikë e përdorur për të përcaktuar rregullimet e mundshme të molekulave të ndryshme në një substancë të caktuar. Kjo teknikë është e rëndësishme në krijimin e përbërjeve të reja të qëndrueshme.
Çfarë është Docking Molecular?
Lidhja molekulare është një simulim llogaritës i lidhjes së një ligandi kandidat me një receptor. Kjo metodë parashikon orientimin e preferuar të një molekule në një molekulë tjetër kur lidhen me njëra-tjetrën për të formuar një kompleks të qëndrueshëm. Rezultatet e marra nga kjo teknikë mund të përdoren për të parashikuar forcën e lidhjes ose afinitetit të lidhjes midis dy molekulave. Këtu, funksioni i pikëzimit molekular është gjithashtu i rëndësishëm.
Figura 01: Një diagram i thjeshtë që tregon procesin e ndërveprimeve molekulare në sistemet biologjike
Në përgjithësi, kjo teknikë merr në konsideratë molekulat biologjikisht të rëndësishme si proteinat, peptidet, acidet nukleike, karbohidratet dhe lipidet. Këto molekula janë shumë të rëndësishme, dhe ato luajnë një rol të rëndësishëm në mekanizmat e transduksionit të sinjalit në trupin tonë. Prandaj, orientimi i dy molekulave që do të lidhen për këtë proces të transduksionit të sinjalit ndikon në llojin e sinjalit të prodhuar këtu. Kjo do të thotë; Lidhja molekulare është e rëndësishme në përcaktimin e fuqisë dhe llojit të sinjalit të prodhuar gjatë transduksionit të sinjalit në sistemet biologjike.
Për më tepër, teknikat e lidhjes molekulare janë të rëndësishme në hartimin e barnave të bazuara në strukturë. Kjo është për shkak të parashikueshmërisë së saj të konformimit lidhës të molekulave të vogla si ligandët në një vend të përshtatshëm lidhjeje.
Çfarë është Rezultati Molekular?
Vendimi molekular është një lloj funksioni matematikor që është i dobishëm në vlerësimin e progresit të lidhjes molekulare. Në fushën e kimisë llogaritëse, funksionet e pikëzimit përdoren për parashikimin e afinitetit të lidhjes midis dy molekulave pas procesit të lidhjes. Për shembull, nëse kemi një molekulë të vogël të një ilaçi grimcash dhe ka një objektiv biologjik si një proteinë, ne mund të vlerësojmë afinitetin e ilaçit ndaj vendit të lidhjes. Për më tepër, pikëzimi molekular mund të përdoret për të parashikuar ndërveprimet ndërmolekulare midis dy proteinave ose midis një proteine dhe molekulave të ADN-së.
Figura 02: Funksioni i rezultatit shkurtimisht
Zbatimi kryesor i pikëzimit molekular është në proceset e dizajnimit të barnave - për shembull, ekzaminimi virtual, dizajnimi de novo, optimizimi i plumbit, etj.
Cili është ndryshimi midis lidhjes molekulare dhe pikëzimit?
Lidhja molekulare dhe pikëzimi janë të rëndësishme në modelimin molekular. Dallimi kryesor midis dokimit molekular dhe pikëzimit është se dokimi është një teknikë që përdoret për të përcaktuar afinitetin lidhës midis dy molekulave ndërsa pikëzimi është një proces i vlerësimit të një pozicioni të veçantë duke numëruar numrin e ndërveprimeve të favorshme ndërmolekulare.
Infografia e mëposhtme përmbledh ndryshimin midis lidhjes molekulare dhe pikëzimit.
Përmbledhje – Docking molekular vs Scoring
Lidhja molekulare dhe pikëzimi janë të rëndësishme në modelimin molekular. Dallimi kryesor midis dokimit molekular dhe pikëzimit është se dokimi është një teknikë që përdoret për të përcaktuar afinitetin lidhës midis dy molekulave ndërsa pikëzimi është një proces i vlerësimit të një pozicioni të veçantë duke numëruar numrin e ndërveprimeve të favorshme ndërmolekulare.
