Dallimi kryesor – Abetarja përpara kundër kundërt
Reaksioni zinxhir i polimerazës (PCR) është një metodë e amplifikimit të ADN-së që përdoret në aplikimet biologjike molekulare. Është një teknikë e përdorur zakonisht që bën miliona deri në miliarda kopje të një sekuence ADN-je veçanërisht të interesuar. Është një metodë in vitro e kryer në laboratorë. Teknika PCR varet tërësisht nga polimeraza e ADN-së e prodhuar në treg, e quajtur Taq polimeraza. Dhe gjithashtu kërkon disa komponentë të tjerë dhe mirëmbajtjen e duhur të temperaturës. Një komponent i rëndësishëm janë abetaret. Primerët janë sekuenca të shkurtra të ADN-së të krijuara posaçërisht për sekuencën e synuar të ADN-së. Zakonisht janë rreth 20 nukleotide në gjatësi. Taq polimeraza katalizon shtimin e nukleotideve në sekuencën nukleotide ekzistuese. Prandaj, primerët shërbejnë si pikënisje të sintezës së fijeve të reja. Taq polimeraza punon vetëm në drejtimin 5' deri në 3' prandaj sinteza e ADN-së ndodh në të njëjtin drejtim 5' deri në 3'. Meqenëse ADN-ja është me dy zinxhirë, në PCR nevojiten dy lloje primerësh. Ato njihen si primer përpara dhe primer i kundërt. Primerat e përparme dhe të kundërta quhen bazuar në drejtimin e zgjatjes së primerit në ADN kur ndodh sinteza e ADN-së. Abetarja e përparme anulohet me vargun antisens të ADN-së dhe fillon sintezën e vargut +ve të gjenit në drejtimin 5' deri në 3'. Abetarja e kundërt pjekja me fillesën sensuale dhe fillon sintezën e vargut plotësues të vargut kodues; që është –ve vargu i gjenit në drejtimin 5’ deri në 3’. Ky është ndryshimi kryesor midis abetareve përpara dhe të kundërt.
Çfarë është një abetare përpara?
Orientimi përpara është sinteza e vargut kodues ose vargut shqisor të një gjeni. Taq polimeraza katalizon sintezën e një vargu të ri në drejtimin 5' deri në 3'. Sinteza e vargut kodues ndodh kur abetarja pjekja me vargun jokodikues ose antisens dhe zgjatet në drejtimin 5' deri në 3'.
Figura 01: Abetare përpara dhe të kundërt
Abetarja që pjekja me vargun antisens ose vargun jokodikues ose vargun shabllon njihet si primer përpara pasi primeri përpara vepron si pikënisje për sintezën e kodimit ose vargun pozitiv të gjenit. Abetarja e përparme ka një sekuencë të shkurtër nukleotide që është plotësuese me skajin 3' anësor të vargut antisens. Ai hibridizohet me vargun antisens dhe lehtëson polimerazën Taq për të shtuar nukleotide që janë plotësuese të vargut shabllon.
Çfarë është një Primer i kundërt?
Abetarja e kundërt është sekuenca e shkurtër e ADN-së që pjekja me skajin 3' të vargut shqisor ose vargut kodues. Abetarja e kundërt shërben si pikënisje për të sintetizuar një varg plotësues të sekuencës koduese ose të sekuencës jokoduese. Abetarja e kundërt është projektuar si plotësuese me skajin 3' të vargut kodues. Prandaj, ai pjek me skajin 3' anësor të vargut kodues dhe lejon polimerazën Taq të sintetizojë vargun antisens ose vargun shabllon. Meqenëse orientimi i tij është në mënyrë të kundërt, ky abetare është etiketuar si abetare e kundërt.
Si primerët e kundërt dhe ato të përparuara janë të rëndësishme për prodhimin e miliona deri në miliarda kopjeve të rajoneve të veçanta të ADN-së që synohen ose janë të interesuara.
Cilat janë ngjashmëritë midis abetares përpara dhe të kundërt?
- Si primerët e përparmë dhe të kundërt janë bërë nga oligonukleotide.
- Si primerët e përparmë dhe të kundërt posedojnë sekuencë të shkurtër nukleotide plotësuese me skajet anësore të vargjeve të dyfishta të ADN-së.
- Të dy primerët e përparmë dhe të kundërt zakonisht përbëhen nga 20 nukleotide.
- Abetaret e përparme dhe të kundërta përdoren në reaksionet zinxhirore të polimerazës.
- Sintetizohen në mënyrë komerciale si primerët e përparmë ashtu edhe ato të kundërta.
- Të dy abetaret e përparme dhe të kundërta janë të qëndrueshme ndaj temperaturës dhe zakonisht kanë Tm të ngjashëm.
- Të dy abetaret e përparme dhe të kundërta janë pjekur me sekuencat e synuara të ADN-së.
- Të dy primerët e përparshëm dhe të kundërt janë projektuar sipas reaksioneve PCR.
- Si primerët përpara dhe të kundërt shërbejnë si pika fillestare për amplifikimin e ADN-së.
- Si primerët e kundërt dhe ato të përparuara janë të rëndësishme për prodhimin e miliona kopjeve të rajoneve të veçanta të sekuencave të ADN-së të synuara ose të interesuara.
Cili është ndryshimi midis abetares përpara dhe kundërt?
Abetarja përpara vs Abetarja e kundërt |
|
| Abetarja e përparme është sekuenca e shkurtër e ADN-së që hibridizohet me skajin 3' të vargut jokodikues ose shabllonit të gjenit dhe shërben si pikënisje për sintetizimin e sekuencës koduese. | Abetarja e kundërt është sekuenca e shkurtër e ADN-së që hibridizohet me skajin 3' të vargut kodues ose jo shabllon dhe shërben si pikënisje për sintetizimin e sekuencës jokoduese. |
| Fije e Pjekjes | |
| Pjekja e primerit përpara me fije shabllon. | Pjekja e primerit të kundërt me fijen pa shabllon. |
| Rezulton sekuenca e re | |
| Abetarja përpara lehtëson sintezën e sekuencës koduese. | Abetarja e kundërt lehtëson sintezën e sekuencës jokoduese. |
Përmbledhje – Përpara vs Abetarja e kundërt
Ka dy lloje primerësh të përfshirë në teknikën PCR. Ata janë abetare përpara dhe të kundërt. Bazuar në zgjatjen e primerit në sintezën e vargut të ri të ADN-së, këta primerë etiketohen ose emërtohen. Taq polimeraza sintetizon ADN-në e re në orientimin 5' deri në 3'. Prandaj, primerët janë projektuar si plotësues të skajeve 3' të fijeve të dyfishta. Abetarja përpara e cila zgjatet në drejtimin 5' deri në 3' hibridizohet me skajin 3' të antisensit ose shabllonit ose sekuencës jokoduese. Ai shërben si pikënisje për sintetizimin e sekuencës koduese. Abetarja e kundërt, e cila zgjatet në drejtimin 5' deri në 3', hibridizohet me skajin 3' të kodimit ose jo shabllonit ose fillesës sensuale. Ai shërben si pikënisje për sintetizimin e sekuencës jokoduese. Ky është ndryshimi midis abetares përpara dhe të kundërt.
