Dallimi kryesor midis FASTA dhe FASTQ është se FASTA është një format i bazuar në tekst që ruan vetëm sekuencat e nukleotideve ose proteinave, ndërsa FASTQ është një format i bazuar në tekst që ruan vlerat e cilësisë së sekuencës dhe sekuencës përkatëse.
Bioinformatika është një fushë që përdor softuer të ndryshëm për të analizuar dhe kuptuar të dhënat biologjike, veçanërisht kur grupi i të dhënave është kompleks dhe i madh. Kjo fushë kombinon biologjinë, kiminë, fizikën, shkencat kompjuterike, inxhinierinë e informacionit, matematikën dhe statistikat për të analizuar dhe interpretuar të dhënat biologjike. FASTA dhe FASTQ janë dy formate të përfaqësimit të sekuencave në fushën e bioinformatikës për të lidhur dhe analizuar sekuencat. Në fakt, FASTQ është një format skedari sekuence që zgjeron formatin FASTA me aftësinë për të ruajtur cilësinë e sekuencës.
Çfarë është FASTA?
FASTA është një softuer shtrirjeje për sekuencën e ADN-së dhe proteinave. Softueri FASTA përdor formatin FASTA. Është një format i bazuar në tekst që përfaqëson ose sekuenca nukleotide ose sekuenca të aminoacideve (proteinave). Këtu, kodet me një shkronjë të vetme përfaqësojnë të dyja këto sekuenca. FASTA është një mjet i rëndësishëm në fushat e bioinformatikës dhe biokimisë. Ky format lejon që emrat dhe komentet e sekuencave t'i paraprijnë sekuencave.
Figura 01: Sekuenca FASTA
Ky format e ka origjinën nga softueri FASTA dhe u prezantua nga David J. Lipmann dhe William R. Pearson në 1985. Mjeti FASTA pati shumë modifikime me kalimin e kohës, dhe versioni i fundit përbëhet nga programe për proteinat: proteina, ADN:ADN, proteina:ADN e përkthyer (me ndërrime kornizash) dhe kërkime peptide të porositura ose të parregulluara. FASTA lexon një sekuencë të caktuar nukleotide ose aminoacide dhe kërkon bazën e të dhënave të sekuencës përkatëse duke përdorur shtrirjen e sekuencave lokale për të gjetur përputhje të sekuencave të ngjashme të bazës së të dhënave.
Çfarë është FASTQ?
FASTQ është një softuer shtrirjeje i përdorur në fushën e bioinformatikës, i cili ruan si një sekuencë biologjike (zakonisht sekuencë nukleotide) ashtu edhe rezultatet përkatëse të cilësisë. FASTQ u zhvillua fillimisht për të bashkuar një sekuencë të formatuar FASTA dhe të dhënat përkatëse të cilësisë nga Wellcome Trust Sanger Institute. Me zhvillimin në fushën e bioinformatikës, FASTQ u bë standardi de fakto për ruajtjen e prodhimit të shumë instrumenteve të renditjes me fuqi të lartë.
Formati FASTQ përdor katër rreshta të ndryshëm për sekuencë. Rreshti 1 fillon me karakterin @ dhe pasohet nga një identifikues i sekuencës (i ngjashëm me një rresht titulli FASTA). Rreshti 2 përbëhet nga shkronja të papërpunuara të sekuencës. Në rreshtin 3, sekuenca fillon me një karakter "+" dhe ndiqet opsionalisht nga i njëjti identifikues i sekuencës. Rreshti 4 kodon vlerat e cilësisë për sekuencën në rreshtin 2 dhe duhet të përbëhet nga i njëjti numër simbolesh si shkronjat në sekuencë.
Cilat janë ngjashmëritë midis FASTA dhe FASTQ?
- FASTA dhe FASTQ janë mjete të shtrirjes.
- Ato janë dy formate të paraqitjes së sekuencave.
- Të dyja janë të lidhura me fushën e bioinformatikës.
- Të dyja FAST dhe FASTQ janë mjete të rëndësishme për qëllime të ruajtjes dhe renditjes.
- FASTQ është një shtesë e formatit FASTA me aftësinë për të ruajtur cilësinë e sekuencës.
Cili është ndryshimi midis FASTA dhe FASTQ?
FASTA është një format i bazuar në tekst që ruan vetëm sekuencat e nukleotideve ose proteinave, ndërsa FASTQ është një format i bazuar në tekst që ruan vlerat e cilësisë së sekuencës dhe sekuencës përkatëse. Kështu, ky është ndryshimi kryesor midis FASTA dhe FASTQ. Për më tepër, FASTA ruan fragmentet e sekuencës pasi të jetë hartuar, ndërsa FASTQ ruan fragmentet e sekuencës përpara hartës. Përveç kësaj, një ndryshim tjetër midis FASTA dhe FASTQ është se FASTA përbëhet nga një linjë përshkrimi dhe FASTAQ përbëhet nga katër rreshta.
Infografia e mëposhtme paraqet ndryshimet midis FASTA dhe FASTQ në formë tabelare për krahasim krah për krah.
Përmbledhje – FASTA vs FASTQ
Bioinformatika përdor formate të ndryshme sekuencash si FASTA dhe FASTQ, etj. FASTA ruan fragmentet e sekuencës pasi të jetë hartuar ndërsa FASTQ ruan fragmentet e sekuencës përpara hartës. FASTA është një softuer rreshtimi për sekuencën e ADN-së dhe proteinave. Ai përbëhet nga programe për proteina:proteina, ADN:ADN, proteina:ADN e përkthyer (me ndërrime kornizash) dhe kërkime të porositura ose të parregulluara të peptideve. FASTQ është një softuer shtrirjeje që përdoret në fushën e bioinformatikës dhe ruan një sekuencë biologjike (zakonisht sekuencë nukleotide) dhe rezultatet përkatëse të cilësisë. FASTA përbëhet nga një linjë përshkrimi, dhe FASTQ përbëhet nga katër rreshta. Pra, kjo përmbledh ndryshimin midis FASTA dhe FASTQ.
