Dallimi kryesor midis kontigut dhe skelës është se një kontig nuk ka boshllëqe ndërsa një skelë përbëhet nga kontig dhe boshllëqe.
Sekuenca e gjenomit të organizmave shumëqelizorë është shumë e vështirë në krahasim me renditjen e organizmave njëqelizorë. Sekuenca e armëve gjahu me gjenom të plotë është një teknikë e thjeshtë dhe e shpejtë e renditjes së gjenomit për gjenomet shumëqelizore. Është një metodë që rendit paralelisht shumë fragmente të mbivendosura të ADN-së. Në këtë metodë, fragmente të vogla grumbullohen në fragmente më të mëdha dhe më pas në kontigje më të mëdha duke përdorur një kompjuter. Pastaj kontigat mblidhen në skela dhe në fund në një kromozom. Prandaj, contig është një shtrirje e vazhdueshme e sekuencave nukleotide ndërsa skela është një pjesë e gjenomit që përbëhet nga kontigje dhe boshllëqe. Si contig ashtu edhe skela janë sekuenca gjenomike të rindërtuara.
Çfarë është Contig?
Contig është një sekuencë gjenomike. Është një shtrirje e vazhdueshme e sekuencave të përbërë nga baza A, C, G dhe T. Ajo formohet duke bashkuar disa pjesë të vogla të mbivendosura të ADN-së në një sekuencë më të gjatë. Me fjalë të thjeshta, contig është një grumbullim i një grupi fragmentesh sekuence. Krijimi i vazhdueshëm përfshin identifikimin e fragmenteve të sekuencave të mbivendosura bazuar në metodat lokale të përputhjes së vargjeve dhe shtrirjes që identifikojnë skajet e mbivendosura të sekuencave.
Kontigat nuk kanë boshllëqe. Është pjesë e një skele. Contigs janë të lidhura me zinxhirë së bashku kur krijojnë një skelë. Kërkon informacion shtesë në lidhje me pozicionin relativ dhe orientimin e kontigëve në gjenom. Boshllëqet ndajnë kontigrat në një skelë. Në thelb, montimi kontig është një hap i rëndësishëm në renditjen e armëve gjahu me gjenomin e plotë. Contigs janë mbledhur më në fund në një sekuencë të plotë gjenomike. Asambleja Contig zakonisht kërkon të kuptuarit e algoritmeve në përputhjen e vargjeve dhe shtrirjen e sekuencës.
Ç'është Skela?
Një skelë është një sekuencë gjenomike e rindërtuar nga klone të armëve gjahu me gjenom të plotë të sekuencave fundore. Strukturisht, një skelë përbëhet nga ngjitje dhe boshllëqe. Prandaj, skelat krijohen duke i lidhur zinxhirët së bashku dhe duke i ndarë ato me boshllëqe. Krijimi i skelës ka nevojë për informacion në lidhje me pozicionin dhe orientimin relativ të kontigëve në gjenom. Asambleja e pushkës së gjahut me gjenom të plotë synon të përfaqësojë çdo sekuencë gjenomike në një skelë. Por, nuk është aspak e mundur. Prandaj, një kromozom mund të përfaqësohet nga disa skela. Ndonjëherë skelat mund të mbivendosen. Për më tepër, disa skela mund të filtrohen gjatë montimit.
Figura 02: Përmbledhje e montimit të pushkës së gjahut me gjenom të plotë
Gjatësia e një boshllëku të skelës nuk tregon gjatësinë e saj të vërtetë. Në përgjithësi, boshllëqet vendosen në mënyrë arbitrare në gjatësi të caktuara fikse. Prandaj, këto boshllëqe dhe pasiguri në gjatësinë e tyre krijojnë probleme në të kuptuarit e marrëdhënieve të vërteta hapësinore të elementeve funksionale në gjenomi dhe shtrirjes aktuale të informacionit që mungon. Ndonjëherë boshllëqet përfaqësojnë informacionin gjenomik që mungon.
Cilat janë ngjashmëritë midis Contig dhe Scaffold?
- Contig dhe skela janë sekuenca gjenomike të përbëra nga sekuenca nukleotide.
- Skelat përbëhen nga ngërçe dhe boshllëqe.
Cili është ndryshimi midis Contig dhe Scaffold?
Një kontig është një sekuencë e vazhdueshme e mbledhur nga një grup fragmentesh sekuence. Në të kundërt, një skelë është një pjesë e sekuencës gjenomike të rindërtuar duke lidhur zinxhirë së bashku. Pra, ky është ndryshimi kryesor midis kontigut dhe skelës. Për më tepër, kontigat nuk kanë boshllëqe, ndërsa kontigat në një skelë ndahen me boshllëqe.
Më poshtë infografik paraqet më shumë dallime midis kontigut dhe skelës.
Përmbledhje – Contig vs Scaffold
Të dy kontig dhe skela janë sekuenca nukleotide të rindërtuara në projektet e sekuencave të gjenomit të plotë. Contig është një shtrirje e vazhdueshme e sekuencës gjenomike që përmban baza A, C, G dhe T pa boshllëqe. Skela është një sekuencë gjenomike e përbërë nga kontigs dhe boshllëqe. Prandaj, përbërësit më të shkurtër të montimit janë kontigët ndërsa skelat janë grumbullime kontigësh. Më në fund, skelat grumbullohen në kromozome në renditjen e të gjithë gjenomit. Kështu, kjo përmbledh ndryshimin midis kontigut dhe skelës.
