Diferenca kryesore – RAPD vs RFLP
Shënuesit gjenetikë përdoren në Biologjinë Molekulare për të identifikuar variacionet gjenetike midis individëve dhe specieve. ADN-ja polimorfike e përforcuar rastësore (RAPD) dhe polimorfizmi i gjatësisë së fragmentit të kufizuar (RFLP) janë dy shënues të rëndësishëm molekularë që përdoren në mënyrë rutinore në laboratorë. RAPD kryhet me primerë oligonukleotidësh të shkurtër dhe arbitrar, dhe bazohet në amplifikimin e rastësishëm të vendndodhjeve të shumta në të gjithë ADN-në shabllon të organizmit. RFLP kryhet me një endonukleazë restriksioni specifik dhe bazohet në polimorfizmin e fragmenteve të restriksionit të rezultuar dhe hibridizimit. Dallimi kryesor midis RAPL dhe RFLP është se RAPD është një lloj teknikë PCR e kryer pa njohuri paraprake të sekuencës ndërsa RFLP nuk është i përfshirë në PCR dhe kërkon njohuri paraprake të sekuencës për të kryer teknikën.
Çfarë është RAPD?
RAPD është një shënues molekular i dobishëm në biologjinë molekulare. Është një teknikë e shpejtë dhe e lehtë. RAPD mund të përkufizohet si një metodë që rezulton në sekuenca polimorfike të ADN-së si rezultat i amplifikimit të rastësishëm të vendndodhjeve të shumta të shabllonit të ADN-së së synuar. RAPD përdor primerë të shkurtër oligonukleotidësh me sekuenca arbitrare për amplifikimin PCR. Primerët sintetizohen artificialisht pa njohuri paraprake të sekuencës. Prandaj, ajo konsiderohet si një teknikë e lehtë dhe e dobishme.
Hapat kryesorë të mëposhtëm janë të përfshirë në RAPD.
- Nxjerrja e ADN-së së synuar
- Amplifikimi i vendndodhjeve të shumta të ADN-së së synuar duke përdorur abetare të zgjedhur rastësisht
- Elektroforeza me xhel të produkteve të përforcuara PCR
- Ngjyrosje me brom etidium dhe identifikimi i polimorfizmit
Si rezultat i ndryshimit në pjekjen e primerit, gjatë amplifikimit krijohen fragmente të ndryshme me gjatësi të ndryshme. Prandaj, modelet e brezave në xhel janë të ndryshme midis individëve dhe specieve. Kështu, RAPD mundëson zbulimin e variacionit gjenetik midis organizmave në identifikimin dhe diferencimin.
RAPD aplikohet në studime të ndryshme të biologjisë molekulare si identifikimi i ndryshimit gjenetik midis specieve të lidhura ngushtë, harta e gjeneve, marrja e gjurmëve të ADN-së, identifikimi i sëmundjeve të trashëguara, etj.
Figura 01: RAPD
Çfarë është RFLP?
Polimorfizmat e gjatësisë së fragmentit të kufizuar (RFLP) është një shënues molekular i përdorur në biologjinë molekulare për identifikimin e variacionit gjenetik në sekuencat homologe të ADN-së. Është shënuesi i parë gjenetik i zhvilluar për gjurmët e gishtërinjve të ADN-së. Të gjithë organizmat prodhojnë profile unike të ADN-së kur kufizohen me enzima kufizuese specifike. RFLP shërben si një mjet i rëndësishëm në prodhimin e profileve unike të ADN-së të individëve dhe zbulimin e variacionit gjenetik midis tyre. Kur mostrat e ADN-së treten me endonukleaza të kufizuara specifike, ajo jep profile të ndryshme të ADN-së të cilat janë unike për çdo individ. Prandaj, parimi kryesor i kësaj metode është zbulimi i variacionit gjenetik midis organizmave duke kufizuar ADN-në homologe me enzima specifike kufizuese dhe analiza e polimorfizmit të gjatësisë së fragmentit nëpërmjet elektroforezës me xhel dhe blotting. Modelet e njollosjes janë unike për çdo organizëm dhe karakterizojnë gjenotipet specifike.
Hapat e mëposhtëm janë të përfshirë me RFLP.
- Izolimi i sasisë së mjaftueshme të ADN-së nga mostrat
- Fragmentimi i mostrave të ADN-së me endonukleaza të kufizuara specifike në sekuencë të shkurtër
- Ndarja e fragmenteve të rezultuara me gjatësi të ndryshme me elektroforezë me xhel agarozë.
- Transferimi i profilit të xhelit në një membranë me blotting Southern
- Hibridizimi i membranës me sonda të etiketuara dhe analiza e polimorfizmit të gjatësisë së fragmentit në çdo profil
RFLP ka aplikime të ndryshme si diagnostikimi i sëmundjeve trashëgimore, harta e gjenomit, identifikimi kriminal në studimet mjekoligjore, testimi i atësisë, etj.
Figura 02: Gjenotipi RFLP
Cili është ndryshimi midis RAPD dhe RFLP?
RAPD vs RFLP |
|
| RAPD është një shënues molekular i bazuar në primerë të rastësishëm dhe PCR. | RFLP është një shënues molekular i bazuar në prodhimin e fragmenteve të ndryshme të kufizimit të gjatësisë. |
| Shembulli i kërkuar | |
| Mjaftojnë mostrat e vogla të ADN-së për analizën RAPD. | Një sasi e madhe e mostrës së ADN-së së nxjerrë kërkohet për analizën RFLP. |
| Koha | |
| RAPD është një proces i shpejtë. | RFLP është një proces që kërkon kohë. |
| Përdorimi i abetares | |
| Përdoren abetare të rastësishme dhe të njëjtat abetare mund të përdoren për lloje të ndryshme. | Sondat specifike për specie përdoren në RFLP për hibridizim. |
| Besueshmëri | |
| Besueshmëria e teknikës është më pak në krahasim me RFLP. | RFLP është një teknikë e besueshme. |
| Blotting | |
| RAPD përfshin blotting jugore. | Southern blotting është një hap i vetëm i RFLP. |
| Zbulimi i variacionit alelik | |
| Variantet alelike nuk mund të zbulohen nga RAPD. | Variantet alelike mund të zbulohen nga RFLP. |
| Nevoja për njohuri të sekuencës | |
| RAPD nuk kërkon njohuri paraprake për sekuencën. | Njohuria paraprake e sekuencës kërkohet për dizajnimin e sondës. |
| PCR | |
| PCR është i përfshirë me RAPD | PCR nuk është i përfshirë me RFLP. |
| Riprodhueshmëri | |
| RAPD ka një riprodhueshmëri të ulët | RFLP ka një riprodhueshmëri të lartë në krahasim me RAPD. |
Përmbledhje – RAPD vs RFLP
RAPD dhe RFLP janë shënues të rëndësishëm të përdorur në biologjinë molekulare. Të dyja metodat janë të afta të zbulojnë ndryshime gjenetike midis organizmave. RAPD kryhet duke përdorur abetare të rastësishme. RFLP kryhet duke përdorur enzima specifike kufizuese. Të dyja metodat prodhojnë profile të ADN-së unike për organizmat individualë. RAPD përfshin pak hapa të krahasueshëm se RFLP. Por prodhon rezultate më pak të besueshme dhe të riprodhueshme sesa RFLP. Ky është ndryshimi kryesor midis RAPD dhe RFLP.
