Dallimi kryesor midis NGS dhe WGS është se sekuenca e gjeneratës së ardhshme (NGS) është një teknologji masivisht paralele e sekuencës së gjeneratës së dytë që është e lartë, me kosto të ulët dhe e shpejtë, ndërsa sekuenca e gjenomit të plotë (WGS) është një metodë gjithëpërfshirëse për të analizuar të gjithë ADN-në gjenomike të një qelize në një kohë të vetme duke përdorur teknika të sekuencave të tilla si sekuenca Sanger, qasja me armë gjahu ose sekuenca NGS me xhiro të lartë.
Në disa dekadat e fundit, kuptimi i gjenomit të njerëzve dhe kafshëve të tjera është rritur masivisht për shkak të zbulimit të teknikave të renditjes së shpejtë dhe mjeteve bioinformatike. Teknikat konvencionale të sekuencimit si sekuenca e Sanger kishin kufizimet e tyre, të cilat kërkonin zhvillimin e metodave të reja të sekuencës së shpejtë si sekuenca e gjeneratës së ardhshme (NGS) dhe sekuenca nanopore. Teknika e sekuencës së gjenomit të plotë (WGS) është një qasje e kohëve të fundit që përdoret tashmë në shumë projekte kërkimore gjenomike, të tilla si projekti gjenomik 100,000 nga Genomic England, MB. Pra, NGS dhe WGS janë dy metoda të sekuencës që aktualisht po përfshihen në shumë projekte gjenomike.
Çfarë është NGS?
NGS (sekuenca e gjeneratës së ardhshme) është një teknologji masivisht paralele e sekuencës së gjeneratës së dytë që ka xhiro të lartë, me kosto të ulët dhe të shpejtë. Nuk ka një përkufizim të saktë për sekuencën e gjeneratës së ardhshme. Por ne mund ta dallojmë qartë atë nga teknikat konvencionale të renditjes me bazë kapilarësh. Sekuenca e gjeneratës së ardhshme lejon renditjen e një molekule të ADN-së me një madhësi totale më të madhe se 1 milion çifte bazash në një eksperiment të vetëm. Ai ofron shpejtësi të paparë dhe opsione të xhiros së lartë, të tilla si lejimi i renditjes së ADN-së së shumë individëve në të njëjtën kohë. Kjo arrihet duke minimizuar volumin e reaksioneve individuale të renditjes. Për më tepër, kjo gjithashtu kufizon madhësinë e instrumenteve dhe minimizon koston e reagentëve për reagim.
Figura 01: Platformat NGS
NGS është një metodë e renditjes me lexim të shkurtër që ka revolucionarizuar tashmë fushën e kërkimit biologjik. Për më tepër, NGS aplikohet në fusha të ndryshme si sekuenca e gjenomit de novo, sekuenca e gjenomit të plotë, analiza e transkriptomit, sekuenca e ARN-së së vogël dhe mikro ARN-së, rirenditja e synuar dhe sekuenca e gjithë ekzomit.
Çfarë është WGS?
WGS (sekuenca e të gjithë gjenomit) është një metodë gjithëpërfshirëse për të analizuar të gjithë ADN-në gjenomike të një qelize në një kohë të vetme duke përdorur teknika të sekuencimit si sekuenca Sanger, qasja me armë gjahu ose sekuenca NGS me xhiro të lartë. Njihet gjithashtu si sekuenca e plotë e gjenomit ose sekuenca e plotë e gjenomit. Sekuenca e plotë e gjenomit përfshin renditjen e të gjithë ADN-së kromozomale të një organizmi, si dhe ADN-së në mitokondri, dhe për bimët, ADN-së në kloroplast në një kohë të vetme. WGS u mundëson shkencëtarëve të lexojnë sekuencën e saktë të të gjitha shkronjave që përbëjnë grupin e plotë të ADN-së. WGS duke përdorur platformën NGS pritet të revolucionarizojë konfigurimin klinik.
Figura 02: WGS vs Renditja hierarkike e pushkës së gjahut
Sekuenca e të gjithë gjenomit u prezantua në kujdesin klinik në 2014. Për më tepër, aplikimi i WGS përfshin sekuencën e gjeneve në nivelin SNP për të identifikuar variantet funksionale në studimet e shoqërimit, ndërhyrjen terapeutike në mjekësinë e personalizuar, biologjinë evolucionare, analizën gjenomike krahasuese, studime të mutacioneve dhe rirregullimeve, studime të lidhjes së varianteve të rralla dhe parashikimi i ndjeshmërisë ndaj sëmundjeve dhe përgjigjes ndaj ilaçeve.
Cilat janë ngjashmëritë midis NGS dhe WGS?
- NGS dhe WGS janë dy teknika renditjeje.
- Të dyja teknikat renditin ADN ose ARN.
- Këto teknika janë të reja dhe të besueshme.
- Ato të dyja përdoren në diagnostikimin e sëmundjeve dhe zbulimin e barnave.
Cili është ndryshimi midis NGS dhe WGS?
NGS është një teknologji masivisht paralele e sekuencës së gjeneratës së dytë, e cila është e lartë, me kosto të ulët dhe e shpejtë, ndërsa WGS është një metodë gjithëpërfshirëse për të analizuar të gjithë ADN-në gjenomike të një qelize në një kohë të vetme, duke përdorur teknika të sekuencimit si p.sh. si sekuenca Sanger, afrimi me armë gjahu ose sekuenca NGS me xhiro të larta. Pra, ky është ndryshimi kryesor midis NGS dhe WGS. Për më tepër, NGS përbëhet vetëm nga metoda të sekuencës së gjeneratës së dytë ndërsa WGS përbëhet nga metoda të renditjes së gjeneratës së parë, të dytë dhe të tretë.
Tabela e mëposhtme paraqet ndryshimet midis dhe NGS dhe WGS në formë tabelare për krahasim krah për krah.
Përmbledhje – NGS vs WGS
Në dekadat e fundit, teknika të ndryshme të renditjes janë aplikuar në mënyrë rutinore në kërkimet bashkëkohore molekulare. Madje ato janë mjete shumë të fuqishme për shumë aplikime klinike. NGS dhe WGS janë dy metoda të sekuencës që aktualisht po përfshihen në shumë projekte gjenomike. NGS është një teknologji e sekuencës së gjeneratës së dytë që është e lartë, me kosto të ulët dhe e shpejtë. Nga ana tjetër, WGS është një metodë për të analizuar të gjithë ADN-në gjenomike ose ADN-në e plotë gjenomike të një qelize në një kohë të vetme duke përdorur teknika të sekuencës si sekuenca Sanger, qasja me armë gjahu ose sekuenca NGS me xhiro të lartë. Pra, kjo është përmbledhja e ndryshimit midis NGS dhe WGS.
