Dallimi kryesor midis sondave të ADN-së dhe ARN-së është se sondat e ADN-së janë fragmente të ADN-së që janë plotësuese të sekuencave nukleotide të synuara, ndërsa sondat e ARN-së janë shtrirje të ARN me një fije floku të cilat janë sekuenca plotësuese të acidit nukleik të sekuencave të synuara.
Një sonda është një sekuencë e shkurtër e sintetizuar artificialisht e ADN-së ose ARN-së që mund të etiketohet në mënyrë radioaktive ose me molekula jo radioaktive. Mund të ketë një gjatësi prej 100 deri në 1000 baza. Sondat janë të dobishëm në zbulimin e sekuencave të nukleotideve të synuara që janë plotësuese me sekuencën e sondës. Pasi të shtohen, sondat hibridizohen me sekuencat plotësuese ose sekuencat e synuara dhe e bëjnë të dukshme identifikimin e sekuencave të synuara pasi mbart radioaktivitet. Sondat janë mjete të rëndësishme molekulare për në shumë fusha mikrobiale dhe molekulare si zbulimi i sëmundjeve gjenetike, në virologji, në patologjinë mjekoligjore, në testimin e atësisë, në gjurmët e gishtave të ADN-së, RFLP, citogjenetikë molekulare, hibridizimin in situ, etj.
Çfarë janë sondat e ADN-së?
Sondat e ADN-së janë shtrirje me një zinxhir të ADN-së. Ato mund të përdoren për të zbuluar praninë e sekuencave plotësuese të acideve nukleike (sekuencat e synuara) me anë të hibridizimit. Pasi një sondë e ADN-së hibridizohet me sekuencën e saj plotësuese, ajo formon një hibrid me dy fije. Për t'i zbuluar ato, sondat e ADN-së përgjithësisht etiketohen me radioizotope, biotinë, epitope ose fluorofore. Sondat e ADN-së të etiketuara me biotinë mund të zbulohen me fosfatazën alkaline të etiketuar me streptavidin me një sërë metodash enzimatike dhe kimike.
Figura 01: Sonda e ADN-së
Sekuenca nukleotide e sondës së ADN-së është e njohur. Ato janë sekuenca të shkurtra me një gjatësi prej 100 deri në 1000 çifte bazë. Sondat e gjata të ADN-së mund të gjenerohen nga teknologjia rekombinante e ADN-së. Ato gjithashtu mund të gjenerohen nga PCR dhe klonimi. Në laboratorët klinikë të mikrobiologjisë, sondat e ADN-së janë lehtësisht të disponueshme për diagnostikimin e shpejtë të sëmundjeve infektive.
Çfarë janë sondat e ARN?
Sondat ARN janë shtrirje me një zinxhir të ARN-së. Ato janë sekuenca plotësuese për sekuencat e synuara në kampion. Zakonisht ato sintetizohen me polimerazat e ARN-së nga bakteriofagët SP6, T7 ose T3 nga transkriptimi in vitro i ADN-së. Sondat e gjata të ARN-së mund të gjenerohen nga transkriptimi in vitro nga ADN-ja e plazmidës linearizuar. Në përgjithësi, sondat e ARN-së lidhen fort dhe më fort me sekuencat e tyre plotësuese sesa sondat e ADN-së. Ngjashëm me sondat e ADN-së, sondat ARN gjithashtu mund të etiketohen gjatë transkriptimit.
Cilat janë ngjashmëritë ndërmjet sondave të ADN-së dhe ARN-së?
- Të dy sondat e ADN-së dhe ARN-së janë sekuenca nukleotide me një zinxhir.
- Të dyja janë projektuar dhe sintetizuar artificialisht.
- Për më tepër, ato mund të etiketohen me radioizotope, epitope, biotinë ose fluorofore.
- Ata kanë një afinitet të fortë ndaj një sekuence specifike të synuar të ADN-së ose ARN-së.
- Ato përdoren në teknika të ndryshme blotting dhe hibridizimi in situ për zbulimin e sekuencave të synuara të acidit nukleik.
- Të dy llojet e sondave mund të hibridizohen me sekuencat e tyre plotësuese.
- Ato përdoren gjithashtu në identifikimin e mikroorganizmave dhe diagnostikimin e sëmundjeve infektive, të trashëguara dhe të tjera.
Cili është ndryshimi midis sondave të ADN-së dhe ARN-së?
Sonda e ADN-së është një shtrirje e shkurtër e ADN-së e cila është komplementare me sekuencën e synuar. Nga ana tjetër, sonda e ARN-së është një shtrirje e shkurtër një-vargëshe e ARN-së që plotëson sekuencën e synuar. Kështu, ky është ndryshimi kryesor midis sondave të ADN-së dhe ARN-së. Për më tepër, sondat e ADN-së përmbajnë A, T, C dhe G ndërsa sondat ARN përmbajnë A, U, C dhe G.
Për më tepër, një ndryshim i mëtejshëm midis sondave të ADN-së dhe ARN-së është stabiliteti i tyre termodinamik. Sondat e ARN-së tregojnë stabilitet më të madh termodinamik në krahasim me sondat e ADN-së.
Më poshtë infografik paraqet dallimet e rëndësishme midis sondave të ADN-së dhe ARN-së.
Përmbledhje – Sondat e ADN-së kundër ARN-së
Një sonda është një fragment i vogël i ADN-së ose ARN-së që përdoret për të zbuluar praninë e një sekuence specifike në kampionin e ADN-së ose ARN-së me anë të hibridizimit molekular. Sondat e ADN-së janë fragmente të shkurtra të ADN-së me një zinxhir ndërsa sondat e ARN-së janë sekuenca të shkurtra të ARN-së me një zinxhir. Janë sekuenca të njohura. Stabiliteti termodinamik është më i madh në sondat e ARN-së sesa sondat e ADN-së. Sondat e ARN-së lidhen fort me sekuencat e tyre plotësuese sesa sondat e ADN-së. Kështu, kjo përmbledh ndryshimin midis sondave të ADN-së dhe ARN-së.
