Dallimi kryesor midis renditjes së klonit me klon dhe renditjes së armëve të gjahut qëndron në metodën e tyre të sjelljes. Metoda e sekuencës së klonit me klon përfshin hartëzimin e kromozomeve dhe klonimin përpara sekuencës, ndërsa sekuenca e klonit me armë gjahu lë jashtë si hartëzimin e kromozomeve ashtu edhe hapat e klonimit gjatë sekuencës.
Klonimi me sekuencë klonore dhe klonimi me sekuencë me armë gjahu janë dy metoda të renditjes moderne të gjenomit. Sekuenca e klonimit me klon është një metodë më e besueshme e renditjes. Megjithatë, metoda e klonimit me sekuencë me armë gjahu është më e shpejtë dhe më e lirë. Artikulli fokusohet në ndryshimin delikate midis sekuencës së klonit me klon dhe renditjes së armëve gjahu.
Çfarë është Clone by Clone Sequencing?
Sekuenca e klonit me klon është një metodë e renditjes së gjenomit. Kërkon hartëzimin e secilit kromozom përpara ndarjes së ADN-së. Pas hartës, ADN-ja duhet të ndahet në fragmente me gjatësi 150 kilobaze. Këto fragmente janë më pas gati për renditje. Hapi tjetër është futja e fragmenteve të ADN-së në kromozomet artificiale bakteriale (BAC) dhe më pas në qelizat bakteriale. Meqenëse fragmentet janë tani brenda qelizave bakteriale, çdo herë kur bakteret ndahen, fragmentet e futura të ADN-së gjithashtu ndahen dhe prodhojnë shumë kopje identike. Më pas, ADN-ja e klonit bakterial individual fragmentohet në fragmente të gjata me 500 çifte bazë. Ato janë fragmente më të vogla dhe të mbivendosura. Më pas, sekuenca bëhet me futjen e këtyre fragmenteve në një vektor me një sekuencë të njohur të ADN-së. Duke u nisur nga sekuenca e njohur e vektorit, renditja vazhdon deri në sekuencën e panjohur.
Pas mbarimit të renditjes, është e nevojshme të identifikohen zonat e sekuencave të mbivendosura. Më pas, bashkimi i fragmenteve bëhet për të formuar fragmentet më të mëdha të paraqitura fillimisht në BAC. Më pas, grumbullimi i fragmenteve më të mëdha në kromozom bëhet sipas hartës së gjenomit.
Figura 01: Klonimi sipas renditjes së klonit
Avantazhi domethënës i renditjes së klonit me klon është se harta e gjenomit e përgatitur paraprakisht ndihmon një montim të besueshëm të fragmenteve më të mëdha. Por, disavantazhi i kësaj metode të sekuencës është se kërkon kohë për të krijuar harta gjenomi dhe për të bërë klonime. Megjithatë, kjo ishte metoda e preferuar gjatë "Projektit të Gjenomit Njerëzor".
Çfarë është Clone by Shotgun Sequencing?
Klonimi me sekuencë me armë gjahu është një metodë renditjeje e cila ndan në mënyrë të rastësishme sekuencat e ADN-së në shumë fragmente të vogla dhe ribashkon sekuencën duke vëzhguar rajonet e mbivendosura. Gjenomet më të mëdha të gjitarëve janë të vështira për t'u klonuar dhe mbledhur. Kjo është për shkak të kompleksitetit dhe madhësisë së tyre strukturore. Edhe pse metoda e sekuencës së klonit me klon është e besueshme, duhet një kohë e gjatë për të renditur gjenomet e organizmave kompleksë. Prandaj, sekuenca e klonimit me armë gjahu është bërë një metodë e besueshme e renditjes më të lirë që mund të kryhet më shpejt. Prandaj, shkencëtarët e ditëve moderne mbështeten në këtë metodë të sekuencës për të trajtuar gjenomet komplekse.
Figura 02: Klonimi me sekuencë me armë gjahu
Gjatë metodës së sekuencës së klonimit me armë gjahu, asnjë hap konvencional i hartës dhe klonimit të gjenomit nuk kryhet. Fillimisht, i gjithë gjenomi është i fragmentuar në madhësi të ndryshme nga 20 kilobazë në 300 kilobazë. Më pas, bëhet sekuenca. Më pas, duke përdorur softuer të sofistikuar kompjuterik, është e nevojshme të grumbullohen fragmentet duke parë rajonet që mbivendosen.
Klonimi me sekuencë me armë gjahu ndihmon në përmirësimin e saktësisë së sekuencave ekzistuese të gjenomit. Avantazhi kryesor i kësaj metode është se është shumë më e shpejtë dhe më pak e kushtueshme se metoda e sekuencës së klonimit me klon. Megjithatë, ky proces nuk përfshin përdorimin e një harte gjenetike. Prandaj, gabimet gjatë montimit kanë më shumë gjasa të ndodhin. Kështu, ky është një disavantazh i madh në metodën e renditjes së klonimit me armë gjahu.
Cilat janë ngjashmëritë midis renditjes së klonit me klon dhe renditjes me armë gjahu?
- Sekuenca klon-me-klon dhe sekuenca me armë gjahu janë dy metoda të renditjes së gjenomit.
- Gjatë të dyja teknikave të renditjes, montimi i fragmenteve të ndara bëhet duke identifikuar rajonet e mbivendosura.
- Gjithashtu, zbërthimi i ADN-së në fragmente më të vogla është i nevojshëm si për renditjen e klonit ashtu edhe për renditjen e armëve gjahu.
Cili është ndryshimi midis renditjes së klonit sipas klonit dhe renditjes me armë gjahu?
Teknika e sekuencës së klonimit me klon përfshin dy hapa kryesorë: hartimin e kromozomeve dhe klonimin. Në të kundërt, sekuenca e klonimit me armë gjahu nuk ndjek këto dy hapa; ai ndan në mënyrë të rastësishme sekuencat e ADN-së në shumë fragmente të vogla dhe ribashkon sekuencën duke vëzhguar rajonet e mbivendosura. Prandaj, ky është ndryshimi kryesor midis sekuencës së klonit me klon dhe renditjes së armëve gjahu. Për shkak të këtij faktori, sekuenca e klonimit me klon është një proces i shtrenjtë dhe kërkon shumë kohë, ndërsa klonimi me armë gjahu është më i shpejtë dhe më i lirë.
Megjithatë, gabimet gjatë montimit kanë më pak gjasa të ndodhin gjatë renditjes klon-me-klon. Prandaj, ka besueshmëri të lartë. Megjithatë, sekuenca e klonimit me armë gjahu është relativisht një teknikë më pak e besueshme. Pra, ky është gjithashtu një ndryshim domethënës midis sekuencës kloni me klon dhe sekuencës me armë gjahu.
Info-grafika e mëposhtme paraqet më shumë informacion në lidhje me ndryshimin midis renditjes së klonit sipas klonit dhe renditjes me armë gjahu.
Përmbledhje – Klon nga Klonimi i Sekuencës vs Sekuenca me armë gjahu
Në përmbledhjen e ndryshimit midis sekuencës së klonit me klon dhe sekuencës me armë gjahu, sekuenca e klonit me klon dhe sekuenca me armë gjahu janë dy metoda të renditjes së gjenomit. Megjithatë, teknika e sekuencës klon me klon përfshin si hartimin e gjenomit ashtu edhe proceset e klonimit, ndërsa klonimi me armë gjahu jo. Pra, ky është ndryshimi kryesor midis renditjes së klonit me klon dhe renditjes së armëve gjahu. Meqenëse hartëzimi i gjenomit ndodh gjatë renditjes së klonit me klon, gabimet kanë më pak gjasa të ndodhin gjatë montimit të sekuencave. Por, sekuenca e klonimit me armë gjahu është një proces shumë më i shpejtë dhe më i lirë. Megjithatë, është relativisht më pak i besueshëm. Sekuenca e klonit me klon ishte metoda e preferuar e renditjes gjatë "Projektit të Gjenomit Njerëzor". Por, biologu molekular i ditëve moderne mbështetet më shumë në klonimin e renditjes me armë gjahu.
