Dallimi kryesor midis ADN-së gjenomike dhe izolimit të ADN-së plazmidike është se izolimi i ADN-së gjenomike synon nxjerrjen e ADN-së gjenomike ndërsa izolimi i ADN-së plazmidike synon nxjerrjen e ADN-së plazmidike të baktereve.
Izolimi i ADN-së është një proces kimik që përdoret për të izoluar ADN-në nga specie të ndryshme ose nga mostra të ndryshme. Izolimi i ADN-së është i rëndësishëm në teknikat e biologjisë molekulare të rrjedhës së poshtme, të tilla si elektroforeza e xhelit, reaksioni zinxhir i polimerazës dhe teknikat e renditjes së ADN-së. Prandaj, izolimi i ADN-së është një proces kimik thelbësor në studimet biologjike molekulare. Bazuar në qëllimin e hulumtimit, ndonjëherë është e nevojshme të izolohet ADN gjenomike. Përveç kësaj, disa studime fokusohen në izolimin e ADN-së plazmide nga bakteret. Izolimi i ADN-së gjenomike është procesi i izolimit të ADN-së gjenomike nga një mostër prokariotike ose eukariote. Hapat e izolimit ndryshojnë sipas llojit të qelizës në të cilën izolohet ADN-ja. Izolimi i ADN-së plazmidike është procesi i izolimit të ADN-së plazmidike nga një qelizë bakteriale. Në krahasim me izolimin e ADN-së gjenomike, procesi i përgjithshëm është kompleks në izolimin e ADN-së plazmidike.
Çfarë është izolimi gjenomik i ADN-së?
Izolimi gjenomik i ADN-së është procesi i nxjerrjes së ADN-së së plotë gjenomike të një organizmi. Ky proces i veçantë përfshin tre ngjarje kryesore. Ato janë, liza e qelizave ose liza bërthamore, degradimi ose proteoliza e proteinave dhe precipitimi i ADN-së gjenomike. Hapi i lizës mund të ndryshojë sipas llojit të qelizës. Tek prokariotët, meqenëse ekziston një mur qelizor peptidoglikan, hapi i parë duhet të jetë prishja e murit qelizor. Nga ana tjetër, te eukariotët, hapi i lizës përfshin prishjen e membranës plazmatike dhe membranës bërthamore për të nxjerrë ADN-në në pjesën e jashtme. Në të kundërt, hapa të veçantë janë thelbësorë për lizimin e mureve qelizore të bimëve dhe kërpudhave.
Figura 01: Izolimi gjenomik i ADN-së
Rrjedhimisht, sapo të përfundojë hapi i lizës, përfundimisht ADN-ja do të vijë në supernatant. Njëkohësisht, në tretësirë ndodh edhe degradimi i proteinave për shkak të shtimit të proteinazës K. Hapi tjetër është ndarja e ADN-së gjenomike dhe proteinave të degraduara nga njëra-tjetra. Prandaj, proteinat e degraduara ndahen me precipitim duke lejuar që ADN-ja gjenomike të mbetet në supernatant. Pas precipitimit të proteinave, ADN-ja gjenomike mund të precipitohet dhe të ri-suspendohet në një tampon të përshtatshëm derisa të kërkohet për eksperimentin.
ADN gjenomike, e cila është ADN lineare përmban të gjithë informacionin gjenetik të një organizmi. Me fjalë të tjera, gjenomi është materiali trashëgues i një organizmi të gjallë i cili është përgjegjës për të gjitha aktivitetet strukturore dhe funksionale të qelizës. Ai përbëhet nga sekuenca të ADN-së koduese dhe jokoduese. Kur izolohet ADN-ja gjenomike, ajo përfshin të gjithë gjenomin e organizmit.
Çfarë është izolimi i ADN-së plazmidike?
Izolimi plazmid i ADN-së është një proces i veçantë dhe më i ndërlikuar i izolimit të ADN-së. Plazmidet janë ADN ekstrakromozomale të pranishme në shumicën e qelizave bakteriale. Ato janë ADN rrethore e fjetur që mbështet bakteret të mbijetojnë në kushte të vështira mjedisore. ADN-ja plazmidike përbëhet nga gjene të veçanta rezistente që ofrojnë avantazhe shtesë për bakteret si rezistenca ndaj antibiotikëve, vetitë virulente dhe vetitë toksike.
Figura 02: Izolimi i ADN-së plazmide
Izolimi i ADN-së plazmidike përfshin gjithashtu tre procese kryesore; liza e qelizave, proteinoliza dhe precipitimi i ADN-së. Megjithëse mekanizmi biokimik i izolimit është i ngjashëm me atë të izolimit të ADN-së gjenomike, procesi është më kompleks se ai. Procesi i lizës së qelizave është procesi më i rëndësishëm në këtë procedurë. Më e rëndësishmja, ADN-ja gjenomike dhe ADN-ja plazmide nuk duhet të përzihen me njëra-tjetrën. Prandaj, një proces lize shumë më i butë inkorporohet në procedurën e izolimit të ADN-së plazmide. Prandaj, në shumicën e procedurave të izolimit të ADN-së plazmide përdorni detergjentin; dodecil sulfat natriumi për lizën e qelizave.
Cilat janë ngjashmëritë midis ADN-së gjenomike dhe izolimit të ADN-së plazmide?
- ADN-ja gjenomike dhe izolimi i ADN-së plazmide fokusohen në nxjerrjen e ADN-së së një organizmi.
- Gjithashtu, të dy ndjekin të njëjtin proces të përgjithshëm që përfshin lizën e qelizave, degradimin e proteinave dhe precipitimin e ADN-së.
- Për më tepër, ADN-ja që rezulton e të dy proceseve është e rëndësishme për proceset në rrjedhën e poshtme.
- Për më tepër, të dy proceset e izolimit përfshijnë hapat për pastrimin dhe ruajtjen e ADN-së në kushte të caktuara ruajtjeje.
- Përveç kësaj, proteinaza K përdoret në të dyja metodat për të degraduar proteinat.
Cili është ndryshimi midis ADN-së gjenomike dhe izolimit të ADN-së plazmide?
Izolimi gjenomik i ADN-së përqendrohet në nxjerrjen e të gjithë ADN-së gjenomike të organizmit të synuar ndërsa izolimi i ADN-së plazmidike fokusohet në izolimin vetëm të ADN-së plazmidike nga speciet e veçanta bakteriale. Prandaj, ky është ndryshimi kryesor midis ADN-së gjenomike dhe izolimit të ADN-së plazmide. Për më tepër, një ndryshim tjetër midis ADN-së gjenomike dhe izolimit të ADN-së plazmidike është në procedurë. Izolimi i ADN-së gjenomike është një procedurë më pak komplekse në krahasim me izolimin e ADN-së plazmidike. Prandaj, gjatë izolimit të ADN-së plazmidike, është e nevojshme të merren masa paraprake për të parandaluar përzierjen e ADN-së gjenomike dhe plazmidike me njëra-tjetrën.
Infograohiku i mëposhtëm ofron detaje të mëtejshme mbi ndryshimin midis ADN-së gjenomike dhe izolimit të ADN-së plazmidike.
Përmbledhje – ADN gjenomike kundrejt izolimit të ADN-së plazmide
Izolimi i ADN-së është një proces i rëndësishëm në teknikat e biologjisë molekulare. Ekzistojnë dy lloje të ADN-së, përkatësisht ADN gjenomike dhe ADN plazmide (ADN ekstra-kromozomale). Bazuar në kërkesën, disa procedura kryhen për të izoluar ADN-në gjenomike ndërsa disa procedura fokusohen në izolimin vetëm të ADN-së plazmidike nga bakteret. Prandaj, hapat e përfshirë në të dy proceset ndryshojnë pak nga njëri-tjetri. Megjithatë, procesi i përgjithshëm është i njëjtë në të dy izolimet. ADN-ja e izoluar e të dy proceseve ka përdorim të jashtëzakonshëm në proceset e rrjedhës së poshtme si klonimi, elektroforeza e xhelit dhe reaksionet zinxhirore të polimerazës. Në fund të protokollit të izolimit të ADN-së gjenomike, e gjithë ADN-ja gjenomike e organizmit mund të izolohet si produkt përfundimtar ndërsa në fund të protokollit të izolimit të ADN-së plazmidike, ADN-ja plazmidike e bakterit përkatës mund të izolohet si produkt përfundimtar. Prandaj, ky është ndryshimi midis ADN-së gjenomike dhe izolimit të ADN-së plazmidike.
