Dallimi kryesor midis ksilen cianolit dhe bromofenol blu është se në xhel agarozë 1%, ksilen cianoli migron më ngadalë, ndërsa bromofenoli blu migron më shpejt.
Xylene cianoli dhe bromofenol blu janë të rëndësishëm si shënues ngjyrash që mund të përdoren në monitorimin e procesit të elektroforezës së xhelit të agarozës dhe elektroforezës me xhel poliakrilamid.
Çfarë është Xylene Cianol?
Xylene cianoli është një shënues elektroforetik me ngjyra ose një ngjyrues gjurmues. Është i dobishëm në monitorimin e procesit të elektroforezës së xhelit të agarozës dhe elektroforezës së xhelit të poliakrilamidit. Kur kjo substancë përzihet me kampionin, përqendrimi i kësaj substance bëhet zakonisht rreth 0.005% në 0.03%. Disa sinonime që mund të përdorim për ksilen cianol përfshijnë Acid Blue 147, ksilen cianol, ksilen cianol FF, ksilen cianol FF, etj.
Formula kimike e këtij përbërësi është C25H27N2NaO 6S2 Masa molare e ksilen cianolit është 538,61 g/mol. Kjo substancë mund të migrojë me një shpejtësi prej rreth 4 – 5 kilobazë çifte fragmente të ADN-së në xhel agarozë 1%. Megjithatë, kjo varet nga tamponi që përdorim. Në mënyrë tipike, ksilen cianoli në xhel poliakrilamid 6% mund të migrojë me një shpejtësi prej rreth 140 çifte bazë të fragmenteve të ADN-së. Nga ana tjetër, ai mund të migrojë në elektroforezën e xhelit poliakrilamid denatyrues 20% me një normë prej 25 bazash oligonukleotide.
Numri i dhuruesve të lidhjes hidrogjenore të ksilen cianolit është 2 m, dhe numri i pranuesve të lidhjeve hidrogjenore është 8. Numri i lidhjeve rrotulluese të këtij përbërësi mund të jepet si 7. Kompleksiteti i ksilen cianolit mund të përshkruhet si 1120 gradë. Ka një numër të përcaktuar të stereoqendrës së lidhjes prej 1.
Çfarë është Bromfenol Blue?
Bromofenol blu është një tregues i dobishëm pH që është i dobishëm si një shënues elektroforetik ngjyrash dhe një ngjyrues. Ka emrin kimik 3’, 3”, 5’, 5”-tetrabromofenolsulfonftaleinë, BPB. Formula kimike e këtij përbërësi është C19H10Br4O5 S. Masa molare e këtij komponimi është 669,96 g/mol. Është pa erë dhe dendësia e tij mund të jepet si 2.2 g/mL. Pika e shkrirjes së saj është 273 gradë Celsius, dhe pika e tij e vlimit është 279 gradë Celsius. Mund ta përgatisim duke shtuar ngadalë bromin e tepërt në një tretësirë të nxehtë të fenolsulfonftaleinës në acid acetik glacial.
Bromofenol blu është i dobishëm si një tregues acid-bazë në intervalin midis pH 3,0 dhe 4,6. Është në gjendje të ndryshojë nga e verdha në pH 3.0 në pH 4.6. Për më tepër, është një reagim i kthyeshëm. Strukturisht, bluja e bromofenolit është e ngjashme me fenolftaleinën.
Përveç kësaj, ne mund ta përdorim atë si një shënues ngjyrash për të monitoruar procesin e elektroforezës së xhelit të agarozës dhe elektroforezës së xhelit të poliakrilamidit. Kjo substancë mund të mbajë një ngarkesë negative në pH të moderuar, ku mund të migrojë në të njëjtin drejtim si ADN-ja ose proteina në një xhel. Shkalla e migrimit mund të ndryshojë sipas densitetit të xhelit dhe përbërjes së tamponit. Megjithatë, në një xhel tipik 1% agarozë në tampon TAE 1 herë ose bufer TBE, kjo substancë migron me të njëjtën shpejtësi si një fragment ADN-je prej rreth 300 çifte bazash.
Cili është ndryshimi midis Xylene Cyanol dhe Bromofenol Blue?
Xylene cianol dhe bromofenol blu janë shënues të rëndësishëm ngjyrash. Dallimi kryesor midis ksilen cianolit dhe bromofenolit blu është se në xhel agarozë 1%, ksilen cianoli migron më ngadalë, ndërsa bromofenoli blu migron më shpejt.
Më poshtë është një përmbledhje e ndryshimit midis ksilen cianolit dhe bromofenolit blu në formë tabelare për krahasim krah për krah.
Përmbledhje – Xylene Cianol vs Bromfenol Blue
Xylene cianoli dhe bromofenol blu janë të rëndësishëm si shënues ngjyrash që përdoren në monitorimin e procesit të elektroforezës së xhelit të agarozës dhe elektroforezës së xhelit të poliakrilamidit. Dallimi kryesor midis ksilen cianolit dhe bromofenol blu është se në xhel agarozë 1%, ksilen cianoli migron më ngadalë ndërsa bromofenoli blu migron më shpejt.
