Dallimi kryesor midis LINE-ve dhe SINE-ve është se LINE-të (elementet bërthamore të ndërthurura gjatë) janë një lloj retrotranspozonësh më të gjatë jo-LTR ndërsa SINE-të (elementët bërthamorë të ndërthurur të shkurtër) janë një lloj retrotranspozonësh shumë më të shkurtër jo-LTR.
Retrotranspozonët jo-LTR nuk përmbajnë përsëritje të gjata terminale (LTR). Megjithatë, ato përmbajnë gjene për transkriptazën e kundërt, proteinën lidhëse të ARN-së, nukleazën dhe domenin e ribonukleazës H. Retrotranspozonët jo-LTR kanë përsëritje të shkurtra. Këto përsëritje kanë një rend të përmbysur të bazave pranë njëra-tjetrës. Përveç kësaj, retrotranspozonët jo-LTR gjithashtu kanë përsëritje të drejtpërdrejta të gjetura në transpozonët LRT. Retrotranspozonët jo-LTR ndahen në dy kategori si LINEs dhe SINE.
Çfarë janë LINES?
LINJAT (elementet bërthamore të ndërthurura gjatë) janë retrotranspozone më të gjata jo-LTR. Ato janë të përhapura në gjenomet e eukarioteve. Zakonisht ato përbëjnë 21.1% të gjenomit njerëzor. Çdo LINE është e gjatë rreth 7000 çifte bazë. Linjat mund të transkriptojnë në mRNA dhe të përkthehen në një proteinë që mund të funksionojë si një enzimë e kundërt e transkriptazës. Kjo transkriptazë e kundërt prodhon kopje të ADN-së të ARN-së së LINES. Këto kopje të ADN-së mund të integrohen në gjenom në një vend të ri.
Figura 01: LINES dhe SINE
Genomi njerëzor ka vetëm një LINJË të bollshme të quajtur LINE-1. Elementi LINE-1 është i gjatë rreth 6000 çifte bazë. Ka rreth 100,000 elementë të cunguar LINE-1 në gjenomin e njeriut. Mutacioni i rastësishëm mund të ndodhë në LINEs. Për shkak të mutacioneve të rastësishme, linjat mund të degjenerojnë. Ato nuk transkriptohen apo përkthehen më. Për më tepër, LINEs grupohen në pesë grupe kryesore si L1, RTE, R2, I dhe kalorës. Këto pesë grupe ndahen më tej në 28 klade të tjera.
LINJAT zakonisht përhapen përmes një mekanizmi të quajtur mekanizmi i transkriptimit të kundërt me primed objektiv (TPRT). Futja e LINE-ve shkakton sëmundje njerëzore si hemofilia A, kanceri, çrregullimet mendeliane, etj. Hipometilimi i LINE-ve shkakton gjithashtu lloje të caktuara të kancerit.
Çfarë janë SINE?
SINE-të (elementët bërthamorë të ndërthurur të shkurtër) janë një lloj retrotranspozonësh shumë më të shkurtër jo-LTR. Ata janë rreth 100 deri në 700 çifte bazë në gjatësi. SINE-të janë gjithashtu elementë të ADN-së që amplifikohen nëpër gjenomet eukariote përmes ndërmjetësve të ARN-së. SINE përbëjnë rreth 13% të gjenomit të gjitarëve. Rajonet e brendshme të SINE-ve e kanë origjinën nga tRNA. Ajo mbetet shumë e konservuar. Ato janë shpesh të pranishme në shumë lloje të vertebrorëve dhe jovertebrorëve. Variacioni i numrit të kopjeve dhe mutacionet në SINE mund të përfshihen për të ndërtuar klasifikimin e specieve të bazuara në filogjeni.
SINE-të mund të grupohen në tre lloje kryesore: CORE-SINE, V-SINE dhe AmnSINE. Elementi Alu është SINE më i zakonshëm te primatët. Për më tepër, ka më shumë se 50 sëmundje njerëzore që lidhen me futjen e SINE. Kur futen brenda ose pranë ekzoneve, ato mund të shkaktojnë bashkim jo të duhur ose të ndryshojnë kornizën e leximit. Kjo çon në fenotipe të sëmundjeve si kanceri i gjirit, kanceri i zorrës së trashë, leukemia, hemofilia, fibroza cistike, kanceri i zorrës së trashë, sëmundja e Dentit, neurofibromatoza, etj.
Cilat janë ngjashmëritë ndërmjet linjave dhe SINE-ve?
- LINEs dhe SINE janë dy lloje të retrotranspozonëve jo-LTR.
- Të dyja nuk kanë rajone të gjata terminale (LTR).
- Të dyja gjenden kryesisht vetëm te eukariotët.
- Ata të dy janë joautonome.
Cili është ndryshimi midis linjave dhe SINE-ve?
LINJAT janë retrotranspozone më të gjatë jo-LTR, ndërsa SINE janë retrotranspozone shumë më të shkurtër jo-LTR. Pra, ky është ndryshimi kryesor midis LINEs dhe SINEs. Për më tepër, LINES kodon për enzimën e transkriptazës së kundërt, ndërsa SINE nuk kodon për enzimën e transkriptazës së kundërt. Kështu, ky është një tjetër ndryshim midis LINE-ve dhe SINE-ve.
Më shumë dallime midis LINE-ve dhe SINE-ve janë renditur më poshtë në formë tabelare për krahasim krah për krah.
Përmbledhje – LINEs vs SINEs
Retrotranspozonët gjenden kryesisht në të gjithë eukariotët, por mungojnë në prokariotët. Përafërsisht, 37% e gjenomit njerëzor përmban retrotranspozone. Retrotranspozonët janë kryesisht dy lloje: retrotranspozonët LTR dhe Jo-LTR. Retrotranspozonët jo-LTR nuk përmbajnë përsëritje të gjata terminale (LTR), të cilat janë të pranishme në retrotranspozonët LTR. Retrotranspozonët jo-LTR ndahen më tej në dy kategori: LINEs dhe SINE. Linjat janë retrotranspozone më të gjatë jo LTR, ndërsa SINE janë retrotranspozone shumë më të shkurtër jo-LTR. Kështu, kjo është përmbledhja e ndryshimit midis LINE-ve dhe SINE-ve.
