Dallimi kryesor midis CDS dhe ORF është se CDS është sekuenca aktuale nukleotide e një gjeni që përkthehet në një proteinë ndërsa ORF është një shtrirje e sekuencës së ADN-së që fillon me vendin e fillimit të përkthimit (kodoni i fillimit) dhe përfundon me një sajti i përfundimit të përkthimit (kodoni i ndalimit).
Një gjen ka një sekuencë koduese (CDS). Ai përbëhet nga ekzonet totale të gjenit dhe një kodon fillestar dhe një kodon ndalues. Është pjesa aktuale e gjenit që përkthen dhe prodhon proteinën. Korniza e hapur e leximit ose ORF është një sekuencë nukleotide e vendosur midis një kodoni fillestar dhe një kodoni ndalues. Nuk ka asnjë kodon ndalues brenda një ORF që ndërpret kodin gjenetik i cili përkthehet në një proteinë. Në prokariotët, CDS dhe ORF e një gjeni janë të njëjta.
Çfarë është CDS?
CDS ose sekuenca koduese është pjesa e gjenit që në të vërtetë përkthehet në një proteinë. Ai përbëhet nga ekzone dhe dy kodone të njohur si kodoni AUG dhe kodoni ndalues. CDS nuk përmban dy rajone të papërkthyera: 5' UTR dhe 3 UTR. Për më tepër, intronet nuk përfshihen në CDS.
Figura 01: Sekuenca e kodimit
Kur krahasohet me të gjithë gjenomin e një individi, sekuencat koduese janë një fraksion i vogël. Sekuenca koduese përbëhet nga sekuenca e nevojshme nukleotide për të krijuar sekuencën e aminoacideve të proteinës. Prandaj, CDS janë ekzone të përqendruar të cilët mund të ndahen në treshe nukleotide ose kodone. Kodonet krijojnë aminoacide.
Çfarë është një ORF?
Korniza e hapur e leximit ose ORF është shtrirja e vazhdueshme e një sekuence nukleotide që fillon me një kodon fillestar dhe përfundon me një kodon ndalues. Me fjalë të thjeshta, ORF i referohet rajonit të sekuencës nukleotide të vendosur midis kodoneve fillestare dhe ndaluese. Në mes, nuk ka asnjë kodon ndalues që ndërpret ORF. Sekuenca nukleotide midis kodonit fillestar dhe ndalues kodon për aminoacidet. Në përgjithësi, kodoni fillestar është ATG ndërsa kodonet e ndalimit janë TAG, TAA dhe TGA. ORF jep një proteinë funksionale kur transkriptohet dhe përkthehet. Prandaj, ORF përfshin një kodon fillestar, disa kodone në rajonin e mesëm dhe një kodon ndalues. Është interesante që ORF ka një gjatësi që mund të ndahet me tre.
Figura 02: Hap Kornizën e Leximit
Në prokariotët, meqenëse nuk ka introne, ORF është sekuenca koduese e një gjeni që transkriptohet drejtpërdrejt në mARN. Prandaj, CDS dhe PRF janë të njëjta në prokariotët. Kur kërkoni për gjene në prokariote, është e lehtë të zbuloni një ORF dhe të gjeni një gjen në prokariotët. Në eukariotët, meqenëse ka introne, ORF është sekuenca e kodonit që formohet pas përpunimit ose bashkimit të ARN-së. ORF është një pjesë e provës që ndihmon parashikimin e gjeneve për sa kohë që ORF ka të ngjarë të jetë pjesë e një gjeni.
Cilat janë ngjashmëritë midis CDS dhe ORF?
- Në prokariotët, CDS dhe ORF janë të njëjta.
- Të dy kanë kodin fillestar dhe atë ndalues.
- Ata kanë një numër nukleotidesh që mund të ndahen me tre.
- Pasi përkthehen, ato prodhojnë sekuenca aminoacide.
Cili është ndryshimi midis CDS dhe ORF?
CDS është pjesa aktuale e gjenit që përkthehet në një proteinë ndërsa ORF është shtrirja e ADN-së midis një kodoni fillestar dhe një kodoni ndalues. Pra, ky është ndryshimi kryesor midis CDS dhe ORF. Për më tepër, CDS nuk përmban introne, por ORF mund të përmbajë introne. CDS transkriptohet plotësisht në një sekuencë të plotë mRNA ndërsa ORF mund të jetë pjesë e sekuencës së mRNA. Kështu, ky është një tjetër ndryshim midis CDS dhe ORF.
Më poshtë tabelat infografike krah për krah dallimet midis CDS dhe ORF.
Përmbledhje – CDS vs ORF
CDS dhe ORF janë dy pjesë të rëndësishme të një gjeni. CDS i referohet rajonit aktual të ADN-së që përkthehet në një proteinë. ORF është një sekuencë e ADN-së që fillon me kodonin fillestar "ATG" dhe përfundon me cilindo nga tre kodonet e përfundimit (TAA, TAG ose TGA). ORF mund të jetë një pjesë e mARN-së së plotë të një gjeni. Sidoqoftë, sekuenca koduese e një gjeni transkriptohet në sekuencën e plotë të mRNA. Të gjitha CDS-të janë ORF. Por jo të gjitha ORF-të janë CDS. Kështu, kjo përmbledh ndryshimin midis CDS dhe ORF.
