Dallimi kryesor midis ngjashmërisë dhe identitetit në rreshtimin e sekuencave është se ngjashmëria është ngjashmëria (ngjashmëria) midis dy sekuencave në krahasim ndërsa identiteti është numri i karaktereve që përputhen saktësisht midis dy sekuencave të ndryshme.
Bioinformatika është një fushë ndërdisiplinore e shkencës që përfshin kryesisht biologjinë molekulare dhe gjenetikën, shkencën kompjuterike, matematikën dhe statistikat. Rreshtimi i sekuencave është një term kryesor në bioinformatikë. Është procedura në të cilën sekuencat e ADN-së, ARN-së ose proteinave janë rregulluar për të identifikuar rajonet e ngjashmërisë që është pasojë e marrëdhënies funksionale, strukturore ose evolucionare midis sekuencave. Në fund të shtrirjes, ato do të paraqiten si rreshta brenda një matrice. Për të rreshtuar karakteret identike në kolonat e njëpasnjëshme, janë të pranishme boshllëqet e futura midis mbetjeve.
Çfarë është ngjashmëria?
Ngjashmëria në shtrirjen e sekuencave është ngjashmëria midis dy sekuencave kur krahasohet. Ky fakt varet nga identiteti i sekuencave. Ngjashmëria përshkruan masën në të cilën mbetjet janë të rreshtuara. Prandaj, sekuenca të ngjashme përmbajnë veti të ngjashme. Në bioinformatikë, ngjashmëria është një mjet për të vlerësuar ngjashmërinë midis dy proteinave.
Figura 01: Ngjashmëria në shtrirjen e sekuencës
Ka dy hapa kryesorë për të renditur procesin e rreshtimit. Hapi fillestar është rreshtimi në çift, i cili ndihmon për të gjetur shtrirjen optimale midis dy sekuencave (përfshirë boshllëqet) duke përdorur algoritme të tilla si BLAST, FastA dhe LALIGN. Algoritmi i përputhjes gjen numrin minimal të operacioneve të redaktimit; in-dels dhe zëvendësimet në mënyrë që të përafrohet një sekuencë me sekuencën tjetër. Pas shtrirjes në çift, është e nevojshme të merren dy parametra sasiorë nga çdo krahasim në çift. Ato janë identitet dhe ngjashmëri.
Çfarë është Identiteti?
Identiteti në rreshtimin e sekuencave është numri i karaktereve që përputhen saktësisht midis dy sekuencave të ndryshme. Prandaj, boshllëqet nuk llogariten kur vlerësohet identiteti. Matja konsiderohet të jetë relacionale me sekuencën më të shkurtër midis dy sekuencave. Në mënyrë domethënëse nënkupton që ka efekt aty ku identiteti i sekuencës nuk është kalimtar. Nëse X=Y dhe Y=Z, atëherë X nuk është domosdoshmërisht e barabartë me Z. Kjo nxirret në terma të masës së distancës së identitetit.
Figura 02: Identiteti në shtrirjen e sekuencës
Për shembull, X ka një sekuencë të AAGGCTT, Y ka një sekuencë AAGGC dhe Z ka një sekuencë AAGGCAT. Identiteti midis X dhe Y është 100% {5 nukleotide identike / min[gjatësia(X), gjatësia(Y)]}. Identiteti midis Y dhe Z është gjithashtu 100%. Por identiteti midis X dhe Z është vetëm 85% {(6 nukleotide identike / 7)}.
Cilat janë ngjashmëritë midis ngjashmërisë dhe identitetit në rreshtimin e sekuencës?
- Si ngjashmëria dhe identiteti janë dy terma që përdorim në rreshtimin e sekuencës.
- Gjithashtu, ato i referohen ngjashmërisë midis dy sekuencave.
- Për më tepër, ne i shprehim ato si një vlerë përqindjeje.
Cili është ndryshimi midis ngjashmërisë dhe identitetit në rreshtimin e sekuencës?
Ngjashmëria në shtrirje tregon ngjashmërinë midis dy sekuencave kur krahasohet ndërsa identiteti në rreshtimin e sekuencës tregon sasinë e karaktereve që përputhen saktësisht midis dy sekuencave të ndryshme. Prandaj, ky është ndryshimi kryesor midis ngjashmërisë dhe identitetit në rreshtimin e sekuencës.
Përmbledhje – Ngjashmëria kundrejt identitetit në shtrirjen e sekuencës
Rreshtimi i sekuencës ndihmon në identifikimin e rajoneve të ngjashmërisë në ADN, ARN ose proteinë që rezulton për shkak të marrëdhënies funksionale, strukturore ose evolucionare midis sekuencave. Prandaj, ngjashmëria dhe identiteti janë dy terma kyç në kontekstin e shtrirjes së sekuencës. Dallimi kryesor midis këtyre dy termave është se ngjashmëria është ngjashmëria midis dy sekuencave në krahasim ndërsa identiteti është numri i karaktereve që përputhen saktësisht midis dy sekuencave të ndryshme. Kështu, kjo është përmbledhja e ndryshimit midis ngjashmërisë dhe identitetit në shtrirjen e sekuencës.
