Dallimi kryesor midis helix-loop-helix dhe helix-turn-helix është se helix-loop-helix ndërmjetëson dimerizimin e proteinave ndërsa helix-turn-helix rregullon shprehjen e gjeneve përmes lidhjes së ADN-së.
Një motiv proteinik është një sekuencë e shkurtër e ruajtur e lidhur me funksione të dallueshme të ADN-së. Ajo lidhet kryesisht me një zonë të veçantë strukturore me një funksion unik kimik ose biologjik. Këto motive përmbajnë zona të vogla të strukturave tre-dimensionale të aminoacideve me molekula të ndryshme proteinash. Zakonisht, motivet individuale përmbajnë vetëm disa elementë. Helix-loop-helix dhe helix-turn-helix përmbajnë tre elementë. Motivet e tyre strukturore proteinike përfshijnë sythe me gjatësi të ndryshme dhe struktura të paspecifikuara.
Çfarë është Helix-Loop-Helix?
Një spirale-loop-helix (HLH) është një motiv strukturor proteinik që përcakton një nga familjet më të mëdha të faktorëve dimerizues të transkriptimit. Këta faktorë transkriptimi përmbajnë mbetje të aminoacideve për të lehtësuar mekanizmin e lidhjes së ADN-së dhe ato janë dimerike. Motivi strukturor i proteinave përmban dy α-helika, dhe ato janë të lidhura me një lak. Një spirale duket më e vogël nga dy spirale dhe fleksibiliteti i lakut lejon dimerizimin duke paketuar dhe palosur kundër një spirale tjetër. Spiralja që duket më e madhe zakonisht përmban rajone që lidhin ADN-në. Proteinat HLH lidhen me një sekuencë konsensusi që njihet si E-box. Një sekuencë konsensusi është një renditje e llogaritur që përmban mbetje nukleotide ose aminoacide. E-box është një element që i përgjigjet ADN-së në disa eukariote që vepron si një zonë lidhëse e proteinave dhe rregullon shprehjen e gjeneve.
Figura 01: Motivi Helix-loop-helix
Faktorët e transkriptimit të HLH janë thelbësorë për zhvillimin dhe aktivitetin e qelizave. Proteinat HLH kryesisht i përkasin gjashtë grupeve, të cilat tregohen nga shkronjat A në F. Faktorët e transkriptimit të përfshirë në secilin grup janë:
Grupi A: MyoD, Myf5, Beta2/NeuroD1, Scl, p-CaMK, NeuroD dhe Neurogenins, grupi B: MAX, C-Myc, N-Myc dhe TCF4
Grupi C: AhR, BMAL-1-CLOCK, HIF, NPAS1, NPAS3 dhe MOP5
Grupi D; EMC
Grupi E: HEY1 dhe HEY2
Grupi F: EBF1
Meqenëse shumica e faktorëve të transkriptimit të HLH janë heterodimerikë, dimerizimi shpesh i rregullon ato.
Çfarë është Helix-Turn-Helix?
Heliks-turn-helix (HTH) është një motiv strukturor proteinik që është i aftë të lidh ADN-në. Çdo monomer është i organizuar me dy α-spira dhe është i bashkuar nga një varg i shkurtër aminoacidesh. Kjo lidhet me një brazdë në spiralen e ADN-së. Motivet e HTH zakonisht rregullojnë shprehjen e gjeneve. Njohja e HTH dhe lidhja me ADN-në kryhet nga dy α-helika. Një spirale zë fundin N-terminal ndërsa tjetri është në fundin C. Në shumicën e skenarëve, heliksi kryen njohjen e ADN-së. Prandaj, ajo njihet si spirale e njohjes. Lidhja me brazdë në ADN ndodh përmes një sërë ndërveprimesh Van der Waals dhe lidhjeve hidrogjenore me bazat e ekspozuara. A-spiralja tjetër stabilizon ndërveprimin e proteinave dhe ADN-së dhe nuk luan një rol të madh në njohjen. Megjithatë, spiralen e njohjes dhe spiralen e mbetur kanë një orientim të ngjashëm.
Figura 02: Helix-turn-helix i familjes TetR
HTH klasifikohet sipas strukturës dhe rregullimeve hapësinore të helikave. Llojet kryesore janë HTH di-spiral, tri-spiral, tetra-spiral dhe me krahë. Lloji dispiral është lloji më i thjeshtë me dy spirale dhe një domen të pavarur të proteinave të palosshme. Lloji tri-spiral gjendet në aktivizuesin transkriptues Myb. Lloji tetra-spiral ka një spirale shtesë C-terminale. Së fundi, HTH me krahë formohet nga një tufë spirale 3 dhe fletë beta me 3 ose 4 fije.
Cilat janë ngjashmëritë midis Helix-Loop-Helix dhe Helix-Turn-Helix?
- Helix-loop-helix dhe helix-turn-helix janë motive strukturore proteinike.
- Të dyja përmbajnë një emërues të përbashkët në faktorët bazë dhe specifikë të transkriptimit.
- Ato janë të pranishme në eukariotët.
Cili është ndryshimi midis Helix-Loop-Helix dhe Helix-Turn-Helix?
Heliks-loop-helix ndërmjetëson dimerizimin e proteinave, ndërsa heliks-turn-helix rregullon shprehjen e gjeneve përmes lidhjes së ADN-së. Kështu, ky është ndryshimi kryesor midis helix-loop-helix dhe helix-turn-helix. Për më tepër, HLH përmban disa proto-onkogjenë dhe gjene të përfshirë në diferencimin që kodojnë faktorët e transkriptimit ndërsa HTH përmban shumë gjene homeotike që kodojnë për faktorët e transkriptimit. Për më tepër, spirale-loop-helix kryesisht përbëhet nga spirale alfa të bashkuara nga një lak, ndërsa spirale-kthesë-helix kryesisht përbëhet nga sythe të bashkuara nga një bazë e shkurtër aminoacide që formojnë një brazdë.
Infografia e mëposhtme paraqet ndryshimet midis helix-loop-helix dhe helix-turn-helix në formë tabelare për krahasim krah për krah.
Përmbledhje – Helix-Loop-Helix vs Helix-Turn-Helix
Një motiv proteinik është një sekuencë e shkurtër e ruajtur e lidhur me funksione të dallueshme të ADN-së. Helix-loop-helix dhe helix-turn-helix janë dy lloje të motiveve strukturore të proteinave. Dallimi kryesor midis helix-loop-helix dhe helix-loop-helix është se spirale-lak-helix ndërmjetëson dimerizimin e proteinave, ndërsa spirale-kthesë-helix rregullon shprehjen e gjeneve përmes lidhjes së ADN-së. HLH është një motiv strukturor proteinik që përcakton një nga familjet më të mëdha të faktorëve transkriptues dimerizues. Motivi strukturor i proteinave përmban dy α-helika, dhe ato janë të lidhura me një lak. HTH është një motiv strukturor proteinik që është i aftë të lidh ADN-në. Çdo monomer është i organizuar me dy α-spira, dhe është i bashkuar nga një varg i shkurtër aminoacid dhe lidhet me një brazdë në spiralen e ADN-së. Pra, kjo përmbledh ndryshimin midis helix-loop-helix dhe helix-turn-helix.
