Dallimi kryesor midis ngjyrosjes Coomassie dhe argjendit është se ngjyrosja me coomassie është një teknikë e ngjyrosjes së proteinave që përdor një njollë blu të shkëlqyeshme coomassie, ndërsa ngjyrosja me copëza është një teknikë e ngjyrosjes së proteinave që përdor një njollë argjendi.
Ndarja dhe identifikimi i proteinave janë hapa kritikë në analizën e proteomeve. Ata kanë nevojë për karakterizim të proteinave me rezolucion të lartë pas elektroforezës me xhel. Ekzistojnë teknika të shumta ngjyrosjeje që përfshijnë njolla të ndryshme si ngjyra anionike (coomassie brilliant blu), katione metalike (imidazol-zink), ngjyrosje argjendi dhe ngjyra fluoreshente, etj. Ndonjëherë mund të përdoren edhe sonda radioaktive. Zgjedhja e teknikës së ngjyrosjes varet nga thjeshtësia, disponueshmëria e pajisjeve imazherike në laborator, etj.
Çfarë është ngjyrosja Coomassie?
Ngjyrosja Coomassie është një teknikë e ngjyrosjes së proteinave që përdor një njollë blu të shkëlqyer coomassie. Në përgjithësi quhet teknika coomassie blu. Coomassie brilliant blu është ngjyra më e njohur e proteinave anionike. Kjo njollë normalisht njollos pothuajse të gjitha proteinat me linearitet të mirë sasior me ndjeshmëri mesatare. Njolla blu e shkëlqyeshme Coomassie lidhet në mënyrë jo specifike për pothuajse të gjitha proteinat. Ekzistojnë dy variante të ndryshme të njollave blu të shkëlqyera coomassie: R-250 dhe G-250. R-250 ofron kohë më të shkurtra ngjyrosjeje, ndërsa G-250 disponohet në formulime më të ndjeshme dhe miqësore me mjedisin.
Figura 01: Ngjyrosja Coomassie
Ngjyrat Coomassie janë shumë të njohura në studimet e spektrometrisë së masës dhe studimet e identifikimit të proteinave. Për më tepër, njolla coomassie bio-safe është një formulim jo i rrezikshëm i coomassie blu G-250 që është aktualisht i disponueshëm në treg. Avantazhi i këtij formulimi është se kërkon vetëm ujë për shpëlarje dhe çngjyrosje. Njolla bio-safe coomassie ofron ndjeshmëri të barabartë me G-250 konvencionale blu coomassie, por më e mirë se njolla coomassie R-250. Për më tepër, ai ka një protokoll ngjyrosjeje më të thjeshtë dhe më të shpejtë se Coomassie blu G-250 konvencionale. E meta e ngjyrosjes blu coomassie është se është më pak e ndjeshme në krahasim me ngjyrosjen e argjendit. Ngjyrosja blu Coomassie është afërsisht 50 herë më pak e ndjeshme se ngjyrosja e argjendit. Megjithatë, për shkak të thjeshtësisë së tij në lidhje, preferohet në shumë studime.
Çfarë është ngjyrosja e argjendit?
Ngjyrosja e argjendit është një teknikë e ngjyrosjes së proteinave që përdor një njollë argjendi. Ngjyrosja e argjendit përdoret për të njollosur si xhel agarozë ashtu edhe poliakrilamid. Ngjyrosja me argjend e proteinave në xhel agarozë u zhvillua për herë të parë në 1973 nga Kerenyi dhe Gallyas. Më vonë, ai u përshtat për proteinat në xhel poliakrilamide që përdoren në SDS-PAGE. Aktualisht, ngjyrosja e argjendit përdoret gjithashtu për ngjyrosjen e ADN-së ose ARN-së. Për të njollosur xhelat, xhelët inkubohen me tretësirë nitrat argjendi në këtë metodë. Ngjyrosja e argjendit njollos vendet ku proteinat janë të pranishme nga kafe në të zezë.
Figura 02: Ngjyrosje argjendi
Intensiteti i ngjyrosjes së argjendit varet nga struktura primare e proteinës. Për më tepër, pastërtia e enëve të përdorura dhe pastërtia e reagentëve mund të ndikojnë gjithashtu në cilësinë e ngjyrosjes së argjendit. Megjithatë, pengesa e ngjyrosjes së argjendit është se nuk është në gjendje të zbulojë të gjitha proteinat, veçanërisht glikoproteinat dhe proteinat me grupe të mëdha të modifikuara të bashkangjitura në zinxhirët e tyre anësore.
Cilat janë ngjashmëritë midis ngjyrosjes Coomassie dhe argjendit?
- Coomassie dhe ngjyrosja e argjendit janë dy teknika të përdorura në ngjyrosjen e proteinave.
- Ato mund të njollosin si proteinat ashtu edhe ADN-në.
- Të dyja teknikat e ngjyrosjes kanë të meta.
- Këto teknika kanë hapa të ngjashëm, si fiksimi, ngjyrosja dhe çnjollosja.
Cili është ndryshimi midis ngjyrosjes Coomassie dhe argjendit?
Ngjyrosja Coomassie është një teknikë e ngjyrosjes së proteinave që përdor njollën blu të shkëlqyeshme coomassie, ndërsa ngjyrosja me copëza është një teknikë e ngjyrosjes së proteinave që përdor ngjyrosjen e argjendit. Kështu, ky është ndryshimi kryesor midis Coomassie dhe ngjyrosjes së argjendit. Për më tepër, ngjyrosja Coomassie është më pak e ndjeshme se ngjyrosja e argjendit.
Infografia e mëposhtme liston ndryshimet midis ngjyrosjes Coomassie dhe argjendit në formë tabelare për krahasim krah për krah.
Përmbledhje – Coomassie vs Ngjyrosje argjendi
Për të vizualizuar proteinat, mund të kryhet një reaksion kimik për lidhjen e ngjyrës ose prodhimin e ngjyrave të proteinave. Kjo quhet ngjyrosje e proteinave. Ngjyrosja Coomassie dhe argjendi janë dy teknika të përdorura në ngjyrosjen e proteinave. Teknika e ngjyrosjes Coomassie përdor njollën blu të shkëlqyeshme coomassie ndërsa ngjyrosja me copëza përdor njollë argjendi. Pra, ky është ndryshimi kryesor midis ngjyrosjes Coomassie dhe argjendit.
