Dallimi kryesor midis renditjes hierarkike dhe të gjithë gjenomit të armëve gjahu është se në renditjen hierarkike të armëve gjahu, gjenomi ndahet në fragmente më të mëdha përpara sekuencës, ndërsa, në renditjen e armëve gjahu me gjenomin e plotë, i gjithë gjenomi ndahet në fragmente të vogla për sekuencë.
Sekuenca është një teknikë e rëndësishme në proceset molekulare, veçanërisht në identifikimin e saktë të specieve. Në fakt, është teknika e identifikimit të rendit të saktë të nukleotideve në një gjen ose një gjenom. Ka shumë teknika për renditjen e renditjes. Disa prej tyre përfshijnë metodën Maxam Gilbert, Metoda Sanger dhe metodën e automatizuar Sanger.
Çfarë është Sekuenca Hierarkike Shotgun?
Radhitja hierarkike e armëve të gjahut është një metodë e renditjes. Quhet gjithashtu "sekuenca nga lart-poshtë". Më tej, kjo metodë përbëhet nga dy hapa: hapi i parë është amplifikimi i gjenomit dhe hapi i dytë është fragmentimi i gjenomit. Në këtë metodë, gjenomi pritet së pari në fragmente të mëdha. Pasohet nga klonimi i këtyre fragmenteve të mëdha në bujtës të ndryshëm duke përdorur vektorë ose kromozome artificiale. Pastaj, këta vektorë rekombinantë janë rregulluar në një bibliotekë. Gjatë sekuencës së pushkës së gjahut, klonet vektoriale rekombinante i nënshtrohen renditjes individualisht. Fragmentet në klone i nënshtrohen tretjes së kufizuar për të zvogëluar më tej madhësinë e gjenomit, duke iu nënshtruar kështu sekuencës.
Figura 01: Renditja hierarkike e pushkës së gjahut
Gjatë renditjes hierarkike të pushkës së gjahut, pjesët e mëdha të fragmenteve duhet të renditen në rregull, përpara sekuencës së pushkës së gjahut. Ajo zhvillohet me ndihmën e shënuesve molekularë që janë përfshirë gjatë procesit të klonimit.
Sekuenca hierarkike e armëve të gjahut krijon një hartë gjenesh me rezolucion të ulët. Por krijon një hartë të renditur të renditjes. Kështu, ajo merr një kohëzgjatje më të gjatë se sekuenca e drejtpërdrejtë. I gjithë procesi vonon për shkak të krijimit të një biblioteke vektoriale rekombinante. A është gjithashtu një teknikë që kërkon punë intensive. Megjithatë, aktualisht, teknika është e automatizuar për të lehtësuar punën.
Çfarë është Sekuenca e armëve gjahu me gjenomin e plotë?
Sekuenca e të gjithë gjenomit të armëve gjahu është një proces i renditjes me një hap të vetëm. Në këtë proces, i gjithë prerja e gjenomit ndodh së pari. Pas kësaj, secili prej këtyre fragmenteve të vogla i nënshtrohet renditjes në mënyrë të rastësishme. Pas përfundimit të renditjes, bëhet analiza e sekuencave. Gjatë analizës së sekuencës, sekuencat e mbivendosura hiqen dhe analiza nuk është një proces i porositur. Prandaj, montimi i sekuencave është një proces më pak efikas në krahasim me renditjen hierarkike të armëve gjahu. Megjithatë, procesi i sekuencës së të gjithë gjenomit të armëve gjahu është më i shpejtë dhe analiza e të gjithë gjenomit mund të bëhet në një rast të vetëm.
Cilat janë ngjashmëritë ndërmjet renditjes hierarkike dhe të gjenomit të plotë?
- Sekuenca hierarkike dhe e gjithë gjenomit të armëve të gjahut janë dy qasje të renditjes.
- Të dyja i nënshtrohen sekuencës Sanger ose metodave të automatizuara të renditjes Sanger.
- Ata janë të përfshirë në renditjen e fragmenteve të ADN-së dhe ARN-së.
- Për më tepër, të dyja metodat janë të rëndësishme në diagnostikimin molekular dhe qëllimet kërkimore.
- Për momentin, të dyja teknikat janë të automatizuara ose të bazuara në kompjuter.
- Të dyja teknikat mbështeten në fragmentimin e gjenomit.
Cili është ndryshimi midis renditjes hierarkike dhe të gjenomit të plotë?
Sekuenca hierarkike e armëve gjahu gjeneron fragmente me përmasa më të mëdha në krahasim me renditjen e armëve gjahu me gjenom të plotë, e cila funksionon me fragmente të vogla sekuencash. Pra, ky është ndryshimi kryesor midis renditjes hierarkike dhe të gjithë gjenomit të armëve gjahu. Përveç kësaj, renditja hierarkike e armëve gjahu përbëhet nga dy hapa kryesorë, ndërsa renditja e armëve gjahu me gjenomin e plotë mbështetet në një hap të madh.
Për më tepër, një ndryshim tjetër midis renditjes hierarkike dhe të gjithë gjenomit të armëve gjahu është se rezolucioni është më i lartë në renditjen e armëve gjahu me gjenom të plotë në krahasim me renditjen hierarkike të armëve gjahu.
Infografia e mëposhtme përmbledh ndryshimin midis renditjes hierarkike dhe të gjenomit të plotë të armëve gjahu.
Përmbledhje – Renditja hierarkike kundrejt të gjithë gjenomit të armëve të gjahut
Sekuenca hierarkike dhe me armë gjahu me gjenom të plotë janë dy teknika për të renditur gjenomet e mëdha. Sekuenca hierarkike e pushkës së gjahut është një proces me dy hapa renditjeje ku gjenomi ndahet në fragmente më të mëdha. Në të kundërt, sekuenca e armëve gjahu me të gjithë gjenomin është një sekuencë me një hap të vetëm ku gjenomi ndahet në fragmente të vogla dhe renditet drejtpërdrejt. Kështu, ky është ndryshimi kryesor midis renditjes hierarkike dhe të gjithë gjenomit të armëve gjahu. Për më tepër, aspektet teknike mund të ndryshojnë midis dy teknikave.
