Dallimi kryesor – Faqja SDS kundrejt faqes vendase
SDS dhe faqja vendase janë dy lloje të teknikave të elektroforezës së xhelit të poliakrilamidit të përdorura në Biologjinë Molekulare. Dallimi kryesor midis SDS Page dhe Native Page është lloji i xhelit të poliakrilamidit të përdorur. Në SDS Page përdoret një xhel denatyrues, prandaj, molekulat ndahen në bazë të peshës së tyre molekulare. Në të kundërt, në Native Page, përdoren xhel jo denatyrues. Prandaj, molekulat ndahen në bazë të madhësisë, ngarkesës dhe formës së tyre.
Elektroforeza e xhelit të poliakrilamidit (Faqja) përdor një xhel të bërë nga polimerizimi i monomerëve të akrilamidit me bisakrilamid metilen. Poliakrilamidi është më i fortë dhe më i qëndrueshëm ndaj nxehtësisë se agaroza. Xhelet poliakrilamide kanë një madhësi pore më të vogël që mundëson ndarjen efikase të proteinave. Ekzistojnë dy lloje kryesore të konfigurimeve të faqeve, përkatësisht SDS Page dhe Native Page. SDS Page ose Elektroforeza me xhel me poliakrilamid sulfat natriumi-dodecil i ndan proteinat bazuar në peshën e tyre molekulare. Xhel denatyrues përdoren në SDS Page. Native Page përdor xhel jo denatyrues dhe ndan proteinat bazuar në madhësinë, ngarkesën dhe formën e tyre (konformacioni 3D).
Çfarë është faqja SDS?
Faqja SDS është teknika elektroforetike më e zakonshme që përdoret për të ndarë proteinat bazuar në peshën e tyre molekulare. Xheli bëhet duke shtuar SDS (Sodium dodecil sulfate), i cili është një detergjent. SDS i shndërron proteinat në monomere. SDS është një detergjent anionik. Prandaj, shton një ngarkesë negative neto proteinave brenda një diapazoni të gjerë pH. Kur ngarkesa negative neto shpërndahet në molekulat e proteinave, për shkak të ndryshimit të ngarkesës, strukturat komplekse ndahen. Për shkak të ngarkesës negative, proteinat tërhiqen drejt fundit pozitiv. Kështu, molekulat me peshë molekulare më të ulët udhëtojnë më shpejt në matricën e xhelit dhe mund të vërehen afër anodës, ndërsa proteinat me peshë më të madhe molekulare vërehen më afër puseve.
Figura 01: Faqja SDS
Lidhja SDS me zinxhirin polipeptid është proporcionale me masën molekulare relative të saj. Prandaj, masa molekulare mund të përcaktohet edhe nëpërmjet SDS Page. Ngjyrosja e xhelit SDS Page bëhet me ngjyrosje blu me bromfenol. Aplikimet e faqeve SDS shkojnë në një masë më të madhe ku mund të përdoret për të vlerësuar masën molekulare relative dhe për të përcaktuar bollëkun relativ të proteinave në një përzierje proteinash. SDS Page mund të përdoret gjithashtu për të përcaktuar shpërndarjen e proteinave në një përzierje proteinash. SDS Page përdoret gjithashtu për të pastruar dhe vlerësuar proteinat. Përdoret si një procedurë paraprake për western blotting dhe hibridizimin, e cila nga ana tjetër përdoret për hartimin dhe identifikimin e proteinave.
Çfarë është faqja origjinale?
Elektroforeza e xhelit të poliakrilamidit vendas (Native Page) përdor një xhel jo denatyrues. Prandaj, SDS ose ndonjë agjent tjetër denatyrues nuk shtohet në matricën e xhelit. Në Native Page, ndarja e proteinave bazohet në ngarkesën dhe madhësinë e proteinës. Prandaj, lëvizshmëria e proteinës varet nga ngarkesa dhe madhësia e proteinës.
Ngarkesa e proteinës varet nga vargjet anësore të aminoacideve. Nëse zinxhirët anësor janë të ngarkuar negativisht, proteina do të marrë një ngarkesë të përgjithshme negative dhe anasjelltas. Proteinat ruajnë një konformacion 3D për shkak të palosjes që ndodh. Palosja rezulton nga disa lloje lidhjesh në proteina si lidhjet disulfide, ndërveprimet hidrofobike dhe lidhjet hidrogjenore. Prandaj, nëse Faqja vendase bartet në një pH neutral, proteinat do të ndahen sipas formës molekulare të proteinës. Prandaj, Native Page mund të përdoret si një teknikë e ndjeshme për të zbuluar ndryshimin në ngarkesën ose konformimin e proteinës.
Përparësia kryesore e faqes vendase është se proteina e përdorur për analizën e Faqes mund të rikthehet në gjendjen e saj origjinale pas analizës së Faqes, pasi proteina nuk shqetësohet gjatë procesit. Native Page është një teknikë relativisht e lartë e xhiros dhe stabiliteti i proteinës është rritur.
Figura 02: Faqja kryesore
Pas përfundimit të përdorimit të xhelit, xheli Native Page mund të shikohet duke u ngjyrosur me bromfenol blu ose ndonjë reagent tjetër të përshtatshëm ngjyrosës. Aplikimet e Native Page përfshijnë ndarjen e proteinave acidike duke përfshirë glikoproteinat si eritropoietina rekombinante njerëzore ose identifikimin e proteinave të pranishme në Serumin e Serumit të Gjedhit (BSA).
Cilat janë ngjashmëritë midis faqes SDS dhe faqes origjinale?
- Të dy sistemet SDS Page dhe Native Page përdorin xhel poliakrilamid si matricë të xhelit.
- Të dyja përdoren për ndarjen dhe identifikimin e proteinave.
- Të dyja përdorin lëvizshmëri elektroforetike për të ndarë përbërjet.
- Të dyja mund të bëhen në një mënyrë vertikale ose horizontale (kryesisht bëhen si konfigurime vertikale të faqes sepse gjatësia e ekzekutimit është më e madhe).
- Aparati i elektroforezës duke përfshirë rezervuarin e xhelit, krehërat, furnizimin me energji kërkohet për funksionimin e të dyja teknikave.
- Vizualizimi i xhelit mund të bëhet me anë të metodave të ngjyrosjes në të dyja teknikat.
Cili është ndryshimi midis faqes SDS dhe faqes vendase?
Faqja SDS kundrejt faqes vendase |
|
| SDS Page ose Faqja e natrium-dodecil sulfat ndan proteinat bazuar në peshën e tyre molekulare dhe përdor një xhel denatyrues. | Native Page përdor xhel jo denatyrues dhe ndan proteinat bazuar në madhësinë, ngarkesën dhe formën e tyre (konformacioni 3D). |
| Lloji i xhelit | |
| Një xhel denatyrues përdoret në faqen SDS. | Një xhel jo denatyrues përdoret në faqen origjinale. |
| Prania e SDS | |
| SDS është i pranishëm si një detergjent për të dhënë një ngarkesë negative në mostër në faqen SDS. | SDS nuk është i pranishëm në faqen origjinale. |
| Baza e ndarjes | |
| Ndarja e proteinave varet nga pesha molekulare e proteinës në faqen SDS. | Ndarja varet nga madhësia dhe forma e molekulës së proteinës në faqen origjinale. |
| Stabiliteti i proteinës | |
| Stabiliteti i proteinës është i ulët në faqen SDS. | Stabiliteti i proteinave është i lartë në faqen origjinale. |
| Rikuperimi i proteinës origjinale | |
| Nuk është e mundur pasi është e denatyruar në faqen SDS. | E mundur në faqen origjinale. |
Përmbledhje – Faqja SDS kundrejt faqes vendase
SDS Page dhe Native Page janë dy lloje të teknikave të elektroforezës së xhelit të poliakrilamidit që përdoren për të ndarë proteinat. Faqja SDS trajtohet me një detergjent të quajtur SDS. SDS i jep proteinës një ngarkesë të përgjithshme negative, e cila më pas rezulton në denatyrimin e proteinës. Prandaj, proteinat ndahen në bazë të peshës së tyre molekulare. Në të kundërt, teknika Native Page nuk përdor asnjë agjent denatyrues. Kështu, proteinat ose ndahen në bazë të madhësisë ose formës së tyre. Ky është ndryshimi midis faqes SDS dhe faqes vendase.
