Dallimi kryesor midis sekuencës nanopore dhe illumina është se sekuenca e nanoporeve është një teknikë e sekuencës së gjeneratës së tretë që përdor një nanopore për të zbuluar sekuencën e një molekule të ADN-së, ndërsa sekuenca e illuminës është një teknikë e sekuencës së gjeneratës së dytë që përdor reversibile teknologjia e terminatorëve të bojës për të zbuluar sekuencën e një molekule të ADN-së.
Sekuenca e ADN-së është përcaktimi i një sekuence të saktë nukleotide ose bazë të një molekule të ADN-së. Ka shumë metoda të shpejta për të përcaktuar sekuencat e acideve nukleike që përshpejtojnë zbulimet kërkimore biologjike dhe mjekësore. Një nga teknikat e para të sekuencës së ADN-së (sekuenca Sanger) u zhvillua nga Frederick Sanger në 1975 duke miratuar strategjinë e zgjerimit të primerit në Qendrën MRC, Kembrixh, MB. Sot, shumica e teknikave të sekuencës së shpejtë të ADN-së i përkasin kategorive të sekuencës së ADN-së të gjeneratës së dytë (gjeneratës tjetër) dhe të gjeneratës së tretë. Sekuenca nanopore dhe illumina janë dy teknologji të tilla të reja të ADN-së.
Çfarë është Sekuenca Nanopore?
Sekuenca e nanoporeve është një teknikë e sekuencës së gjeneratës së tretë që përdor një nanopore proteine për të zbuluar sekuencën e acidit nukleik të një molekule të ADN-së. Në sekuencën e nanoporeve, ADN-ja që kalon nëpër nanopore ndryshon rrymën e saj. Ky ndryshim varet nga forma, madhësia dhe gjatësia e sekuencës së ADN-së. Sinjali që rezulton deshifrohet për të marrë sekuencën specifike të ADN-së ose ARN-së. Kjo metodë nuk kërkon nukleotide të modifikuara dhe funksionon në kohë reale.
Figura 01: Sekuenca Nanopore
Oxford Nanopore Technologies është një kompani e njohur që prodhon pajisje të shumta të renditjes së nanoporeve. Shumica e pajisjeve të sekuencës Oxford Nanopore kanë qeliza rrjedhëse. Kjo qelizë rrjedhëse ka një numër nanoporesh të vogla që janë të ngulitura në një membranë elektrorezistente. Çdo nanopore korrespondon me elektrodën e vet. Kjo elektrodë lidhet me një kanal dhe një çip sensor. Kjo elektrodë mat rrymën elektrike që rrjedh nëpër nanopore. Kur një molekulë kalon nëpër një nanopore, rryma e saj ndryshon ose ndërpritet. Për më tepër, ky ndërprerje prodhon një rrëmujë karakteristike. Më pas, kjo gërvishtje deshifrohet për të përcaktuar sekuencën e ADN-së ose ARN-së në kohë reale.
Çfarë është Sekuenca e Illumina?
Sekuenca e Illumina është një teknikë e sekuencës së gjeneratës së dytë që përdor teknologjinë e terminuesve të kthyeshëm të ngjyrave për të zbuluar sekuencën e molekulave të ADN-së. Kompania Solexa, tashmë pjesë e kompanisë Illumina, u themelua në vitin 1998. Kjo kompani shpiku këtë metodë të sekuencës bazuar në teknologjinë e terminatorëve të kthyeshëm të ngjyrave dhe polimerazave të inxhinieruara.
Figura 02: Sekuenca e ndriçimit
Në metodën e renditjes së ndriçimit, kampioni së pari ndahet në seksione të shkurtra. Prandaj, në sekuencën e ndriçimit, në fillim krijohen lexime ose fragmente të shkurtra 100-150 bp. Këto fragmente më pas lidhen me adaptorët gjenerikë dhe kalohen në një rrëshqitje. PCR bëhet për të amplifikuar çdo fragment. Kjo krijon një vend me shumë kopje të të njëjtit fragment. Më vonë, ato ndahen në një fije floku dhe i nënshtrohen renditjes. Slidi i renditjes përmban nukleotide të etiketuara në mënyrë fluoreshente, ADN polimerazë dhe një terminator. Për shkak të terminatorit, vetëm një bazë shtohet në të njëjtën kohë. Çdo terminator i ciklit hiqet dhe lejon shtimin e bazës tjetër në vend. Për më tepër, bazuar në sinjalet fluoreshente, kompjuteri zbulon bazën e shtuar në çdo cikël. Teknologjia e sekuencës Illumina ndërton sekuencën brenda 4 deri në 56 orë.
Cilat janë ngjashmëritë midis sekuencës Nanopore dhe Illumina?
- Nanopore dhe sekuenca illumina janë dy teknika renditjeje.
- Të dyja janë metoda të shpejta dhe të reja të renditjes.
- Ato përdoren për të zbuluar sekuencat e ADN-së dhe ARN-së.
- Të dyja kanë saktësi të lartë.
Cili është ndryshimi midis sekuencës Nanopore dhe Illumina?
Sekuenca e nanoporeve është një teknikë e sekuencës së gjeneratës së tretë që përdor një nanopore për të zbuluar sekuencën e molekulave të ADN-së. Në të kundërt, sekuenca e illumina është një teknikë e sekuencës së gjeneratës së dytë që përdor teknologjinë e terminatorëve të kthyeshëm të ngjyrave për të zbuluar sekuencën e molekulave të ADN-së. o, ky është ndryshimi kryesor midis sekuencës së nanoporeve dhe ndriçimit. Për më tepër, sekuenca e nanoporeve ka saktësi 92-97%, ndërsa sekuenca e ndriçimit ka saktësi 99%.
Infografia e mëposhtme liston ndryshimet midis renditjes së nanoporeve dhe ndriçimit në formë tabelare.
Përmbledhje – Nanopore vs Sekuenca Illumina
Teknikat e renditjes me performancë të lartë përfshijnë metodat e renditjes së gjeneratës së dytë (lexim të shkurtër) dhe të gjeneratës së tretë (lexim të gjatë). Sekuenca Nanopore dhe illumina janë dy teknologji të reja të ADN-së që i përkasin kategorive të sekuencës së ADN-së të gjeneratës së tretë dhe të gjeneratës së dytë (gjeneratës tjetër). Sekuenca e nanoporeve përdor një nanopore për të zbuluar sekuencën e molekulave të ADN-së. Nga ana tjetër, sekuenca e illumina përdor teknologjinë e terminatorëve të kthyeshëm të ngjyrave për të zbuluar sekuencën e molekulave të ADN-së. Kështu, kjo është përmbledhja e ndryshimit midis renditjes së nanoporeve dhe ndriçimit.
