Dallimi kryesor midis BLAST dhe FastA është se BLAST është një mjet bazë i shtrirjes i disponueshëm në faqen e internetit të Qendrës Kombëtare për Informacionin e Bioteknologjisë ndërsa FastA është një mjet kërkimi ngjashmërish i disponueshëm në faqen e internetit të Institutit Evropian të Bioinformatikës.
BLAST dhe FastA janë dy softuer që përdoren gjerësisht për të krahasuar sekuencat biologjike të ADN-së, aminoacidet, proteinat dhe nukleotidet e specieve të ndryshme dhe për të kërkuar ngjashmëritë e tyre. Këto algoritme janë shkruar duke mbajtur parasysh shpejtësinë. Sepse, kur shkencëtarët ishin në gjendje të izolonin ADN-në në laborator në mesin e viteve 1980, ngriti nevojën për të krahasuar dhe gjetur gjene identike për kërkime të mëtejshme me shpejtësi të lartë. Prandaj, këta dy softuer u zhvilluan në një mënyrë që përdoruesi të mund të bëjë një kërkim të shpejtë të sekuencave të ngjashme me atë të sekuencave të tyre të pyetjeve.
BLAST është një akronim për Mjetin bazë të kërkimit të shtrirjes lokale dhe përdor qasjen e lokalizuar në krahasimin e dy sekuencave. FastA është një softuer që i referohet Fast A ku A do të thotë të gjithë. Këtu, softueri funksionon me alfabete si Fast A për renditjen e ADN-së dhe Fast P për proteinat. Si BLAST ashtu edhe FastA janë shumë të shpejtë në krahasimin e çdo baze të dhënash gjenomi dhe, për rrjedhojë, janë shumë të zbatueshme nga ana monetare, si dhe në kursimin e kohës.
Çfarë është BLAST?
BLAST është një nga programet më të përdorura të bioinformatikës që u zhvillua në vitin 1990. Që atëherë, ai është i disponueshëm për të gjithë në faqen e NCBI. Për më tepër, çdo person mund të hyjë në këtë softuer dhe ta përdorë atë. Për më tepër, BLAST është një softuer që ka nevojë për të dhëna hyrëse ose sekuenca në formatin FastA. Por, ai jep të dhëna dalëse në format teksti të thjeshtë, HTML ose XML. BLAST punon në një parim të kërkimit të ngjashmërive të lokalizuara midis dy sekuencave dhe liston shkurt sekuencat e ngjashme, dhe pas kësaj, ai kërkon për ngjashmëritë e lagjeve.
Figura 01: Rezultatet BLAST
Kështu, ky softuer kërkon një numër të madh rajonesh të ngjashme lokale dhe jep rezultatin në arritjen e një vlere pragu. Megjithatë, ky proces ndryshon nga softueri i mëparshëm, i cili fillimisht kërkon të gjithë sekuencën dhe më pas bën krahasimin, dhe për këtë arsye, mori shumë kohë.
Përveç kontrollit të ngjashmërisë së mësipërme, BLAST ka shumë përdorime të tjera, si hartëzimi i ADN-së, krahasimi i dy gjeneve identike në specie të ndryshme, krijimi i një peme filogjenetike, etj.
Çfarë është FastA?
FastA është një softuer për shtrirjen e sekuencës së proteinave. David J. Lipman dhe William R. Pearson e përshkruan këtë softuer në 1985. Megjithëse përdorimi fillestar i këtij softueri ishte për të krahasuar vetëm sekuencat e proteinave, versioni i modifikuar i tij ishte në gjendje të krahasonte gjithashtu sekuencat e ADN-së. Këtu, ky softuer përdor parimin e gjetjes së ngjashmërisë midis dy sekuencave statistikisht. Ai përputhet një sekuencë të ADN-së ose proteinës me një sekuencë tjetër me metodën e shtrirjes së sekuencës lokale.
Figura 02: FastA
Megjithatë, ai kërkon për rajone lokale për ngjashmëri, por jo përputhjen më të mirë midis dy sekuencave. Meqenëse ky softuer krahason ngjashmëritë e lokalizuara nganjëherë, ai mund të dalë edhe me mospërputhje. Në një sekuencë, FastA merr një pjesë të vogël të njohur si k-tupa, ku tuplet mund të jenë nga 1 në 6 dhe përputhen me k-tupat e sekuencës tjetër. Në fund të procesit të përputhjes, kur arrin një vlerë pragu, ai prodhon rezultatin.
Cilat janë ngjashmëritë midis BLAST dhe FastA?
- BLAST dhe FastA janë mjete bioinformatike që përdoren për të krahasuar sekuencat e proteinave dhe ADN-së për ngjashmëri.
- Gjithashtu, të dy programet përdorin një strategji vlerësimi për të bërë krahasime midis sekuencave.
- Për më tepër, të dy mjetet prodhojnë rezultate shumë të sakta.
Cili është ndryshimi midis BLAST dhe FastA?
BLAST është një mjet për të kontrolluar ngjashmërinë midis sekuencave biologjike. Nga ana tjetër, FastA është një tjetër program që lehtëson kontrollimin e ngjashmërisë së sekuencave të proteinave dhe ADN-së. Sidoqoftë, në krahasim me FastA, softueri BLAST është shumë i popullarizuar pasi prodhon rezultate më të sakta dhe më të shpejta. Prandaj, ky është ndryshimi midis BLAST dhe FastA. Për më tepër, ndryshe nga FastA, programi BLAST është i modifikueshëm sipas nevojës së përdoruesit. Prandaj, ky është një tjetër ndryshim midis BLAST dhe FastA.
Infografia e mëposhtme mbi ndryshimin midis BLAST dhe FastA ofron më shumë detaje.
Përmbledhje – BLAST vs FastA
BLAST dhe FastA janë dy programe që lejojnë përdoruesin të krahasojë sekuencën e pyetjeve të tij me sekuencat në bazat e të dhënave ekzistuese dhe të kontrollojë ngjashmëritë. Qëllimi fillestar i FastA ishte të krahasonte vetëm sekuencat e proteinave. Por, versioni i modifikuar i këtij softueri lehtëson krahasimin e sekuencës së proteinave dhe ADN-së. Megjithëse FastA është softuer i mirë, shumica e njerëzve përdorin mjetin e shtrirjes BLAST pasi është më popullor dhe prodhon rezultate më të sakta dhe më të shpejta se FastA. Gjithashtu, mjeti BLAST është i modifikueshëm sipas kërkesave të përdoruesit. Shkurtimisht, kjo përmbledh ndryshimin midis BLAST dhe FastA.
