Dallimi kryesor – Blunt vs Sticky End Ligation
Endonukleazat kufizuese janë enzima specifike që presin ADN-në me dy zinxhirë (dsDNA). Ata njihen gjithashtu si gërshërë molekulare në biologjinë molekulare. Enzimat kufizuese janë në gjendje të njohin sekuenca specifike të shkurtra të dsDNA të njohura si vende njohjeje dhe të çajnë lidhjet fosfodiesterike dhe hidrogjenore për të hapur fijet e dyfishta. Si rezultat i ndarjes nga këto enzima, fragmentet e ADN-së prodhohen me lloje të ndryshme skajesh si skajet ngjitëse dhe skajet e topitura. Ligaza e ADN-së është një enzimë e përdorur në biologjinë molekulare për të bashkuar dy fije ngjitëse të ADN-së duke formuar lidhje të reja. Hapi njihet si lidhja dhe sipas llojit të lidhjes së skajit të ADN-së, ato mund të quhen si lidhje e skajit të hapur dhe lidhje e skajit ngjitës. Dallimi kryesor midis lidhjes së skajshme të topitur dhe ngjitëse është se lidhja e skajit të mprehtë ndodh midis fragmenteve të ADN-së që përmbajnë dy skaje të mprehta ndërsa lidhja e skajit ngjitës ndodh midis mbingarkimeve 5' dhe 3'. Krahasuar me lidhjen me fund të hapur, lidhja me fund ngjitës është më efikase dhe më e qëndrueshme.
Çfarë është lidhja me fund të hapur?
Disa endonukleaza kufizuese mund të presin ADN-në në bazat e kundërta dhe të prodhojnë fragmente të ADN-së me fund të hapur. Këto enzima njihen si prerëse me fund të hapur; ato çahen drejt e deri në mes të vendit të kufizimit pa lënë baza të vetme të varura të varura. Skajet e topitura njihen gjithashtu si skaje jo të varura pasi ato nuk kanë baza të varura 3' dhe 5' në skajet. Të dy fillesat përfundojnë nga çiftet e bazave në skajet e hapura. Enzimat e zakonshme të prerjes së skajit të hapur janë EcoRV HaeIII, AluI dhe SmaI.
Lidhja e skajit të hapur është e përfshirë midis dy skajeve të hapura. Nuk është një lidhje e bazave të spikatura. Ky lidhja është më pak efikase sesa lidhja me fund ngjitës. Megjithatë, në disa raste, lidhja e skajit të hapur bëhet më e favorshme se lidhja e skajit ngjitës, veçanërisht kur lidhni produkte PCR. Produktet PCR prodhohen gjithmonë me skaje të hapura. Lidhja e skajit të hapur nuk kërkon skaje plotësuese në ADN për lidhjen.
Figura 01: Prodhimi me fund të hapur nga enzima Eco RV
Çfarë është një lidhje me fund ngjitës?
Disa endonukleaza kufizuese janë në gjendje të presin dsDNA, duke lënë një pjesë të varur të ADN-së me një zinxhir në fund. Këto skaje njihen si skaje ngjitëse ose të varura. Lidhja e skajit ngjitës ndodh midis dy fragmenteve të ADN-së të cilat përmbajnë mbingarkesa që përputhen, sepse skajet ngjitëse janë të poseduara me baza të paçiftuara dhe kërkojnë baza plotësuese për të formuar lidhje. Prandaj, është e nevojshme të përdoret e njëjta enzimë kufizuese për të dy burimet e ADN-së për të prodhuar fragmentet lidhëse që përputhen.
Lidhja e skajit ngjitës është më efikase dhe shpesh është shumë e dëshirueshme në proceset e klonimit. Ka disa enzima kufizuese që prodhojnë skajet ngjitëse. Ato janë EcoRI, BamHI, HindIII etj.
Figura 02: Prodhimi i skajit ngjitës nga enzima Eco RI
Cili është ndryshimi midis Lidhjes Blunt dhe Sticky End?
Blunt vs Sticky End Ligation |
|
| Lidhja e skajit të mprehtë ndodh midis dy fragmenteve të ADN-së me fund të hapur. | Lidhja e skajit ngjitës ndodh ndërmjet dy fragmenteve të ADN-së që përputhen me skajet ngjitëse. |
| Enzimat | |
| Prerëset me fund të mprehtë prodhojnë skaje të hapura. | Prerëset ngjitëse të skajeve prodhojnë skaje ngjitëse ose kohezive. |
| Kërkesa për përfundimet që përputhen | |
| Nuk kërkon fragmente që përputhen ose baza plotësuese. | Kërkon baza plotësuese në skajet për të formuar çifte bazash. |
| Efiçenca | |
| Është më pak efikas se lidhja me fund ngjitës | Është më efikas se lidhja me fund të hapur. |
Përmbledhje – Blunt vs Sticky End Ligation
Endonukleazat kufizuese janë në gjendje të çajnë dsDNA dhe të prodhojnë fragmente të ADN-së me skaje të ndryshme. Ata njohin sekuenca specifike dhe kufizojnë ADN-në duke krijuar skaje ngjitëse dhe të hapura. Skajet ngjitëse kanë baza të paçiftuara në fund të fragmenteve. Skajet e topitura krijohen për shkak të një ndarje të drejtë dhe ato kanë çifte bazash në skajet. Lidhja e skajit ngjitës kërkon dy pjesë plotësuese të ADN-së me një zinxhir. Lidhja e skajit të topitur ndodh midis çdo dy fragmentesh të skajit të hapur. Ky është ndryshimi midis lidhjes së hapur dhe ngjitëse.
