Dallimi kryesor – Eksomë kundër renditjes së ARN-së
Sekuenca e acidit nukleik është teknika që përcakton renditjen e nukleotideve në një fragment të veçantë të ADN-së ose ARN-së të një organizmi. Sekuenca është e rëndësishme në identifikimin e përbërjes së ADN-së dhe ARN-së të qelizës dhe dallimin e gjeneve të caktuara që kodojnë për proteinat funksionale; kështu, sekuenca mund të përdoret për të kuptuar mutacionet e këtyre gjeneve dhe shprehjeve të gjeneve. Metoda e sekuencës Sanger ose metodat më të avancuara të renditjes së gjeneratës së ardhshme janë metodat e renditjes që përdoren zakonisht. Sekuenca e ekzomeve është sekuenca e grupit të plotë të ekzoneve ose rajoneve koduese të ADN-së të pranishme në një organizëm ndërsa sekuenca e ARN-së është procedura e sekuencës së acideve ribonukleike (ARN). Ky është ndryshimi kryesor midis sekuencës së ekzomit dhe ARN-së.
Çfarë është Sekuenca Exome?
Exome është një nëngrup i gjenomit që përbëhet nga gjenet koduese të një organizmi të caktuar. Gjenet koduese emërtohen si ekzone dhe transkriptohen në mRNA dhe më pas përkthehen në sekuenca aminoacide. Gjatë modifikimeve pas transkriptimit, mekanizmi i bashkimit të ARN-së në eukariotët heq intronet (rajonet jo-koduese) dhe ekzonet mbeten. Ekzistojnë dy teknika kryesore në të cilat bëhet sekuenca e ekzomeve: bazuar në zgjidhje dhe bazuar në vargje.
Në sekuencën e ekzomit të bazuar në tretësirë, mostrat e ADN-së fragmentohen duke përdorur enzimat kufizuese ose metodën mekanike dhe denatyrohen nga nxehtësia. Në këtë teknikë, sondat oligonukleotide të biotiniluara (karrem) përdoren për të hibridizuar në mënyrë selektive me rajonet e synuara në gjenom. Për hapin e lidhjes përdoren rruaza magnetike të streptavidinës. Lidhja pasohet nga një hap larjeje ku sekuencat e palidhura dhe jo të synuara lahen. Objektivat e lidhur më pas amplifikohen duke përdorur reaksionin zinxhir polimerazë (PCR) dhe më pas renditen duke përdorur teknikat e sekuencës Sanger ose të Sekuencës së Gjeneratës së ardhshme.
Figura 01: Renditja e ekzomeve
Metoda e bazuar në grup është gjithashtu e ngjashme me metodën e bazuar në zgjidhje, përveç se fragmentet e ADN-së kapen në një grup mikro dhe më pas hapat e lidhjes dhe larjes vijojnë përpara se të renditen.
Sekuenca e Exome përdoret në shumë aplikime si diagnoza gjenetike e sëmundjeve, në terapinë gjenetike, në identifikimin e shënuesve të rinj gjenetikë, në bujqësi për të identifikuar tipare të ndryshme agronomike të dobishme dhe në procedurat e mbarështimit të bimëve.
Çfarë është sekuenca e ARN?
Sekuenca e ARN bazohet në transkriptomën, që është transkripti i plotë i qelizës. Qëllimet kryesore të sekuencës së ARN-së janë të katalogojë të gjitha llojet e transkriptit, duke përfshirë mRNA, ARN jo-koduese dhe ARN të vogël, për të përcaktuar strukturën transkriptuese të gjeneve dhe për të përcaktuar nivelet e shprehjes së secilit transkript gjatë zhvillimit. Gjatë sekuencimit të ARN-së, teknologjitë e hibridizimit (të cilat ishin ADN plotësuese që rrjedhin nga sekuencat e pjekura të mARN-së) u përdorën fillimisht për sekuencimin. Aktualisht, një teknikë më e saktë dhe e avancuar e shpërndarjes përdoret për renditjen e ARN-së.
Figura 02: Sekuenca e ARN-së
Në renditjen e ARN-së, një mostër e ARN-së, e cila mund të jetë ARN totale ose ARN e fraksionuar, konvertohet në ADN-në e saj plotësuese (cDNA) duke përdorur transkriptimin e kundërt dhe përgatitet një bibliotekë cDNA. Çdo fragment cADN është i bashkangjitur me përshtatës në të dy anët (rendimi i fundeve të çifteve) ose në njërën anë (sekuenca me një fund). Këto sekuenca të etiketuara renditen duke përdorur sekuencën Sanger ose gjeneratën tjetër, si renditja e ekzomeve.
Cilat janë ngjashmëritë midis renditjes së Exome dhe ARN?
- Fragmente të shkurtra të përzgjedhura ose i gjithë grupi i ADN/ARN-së mund të përdoren për renditjen e Exome ose ARN.
- Fragmente të renditura ruhen në biblioteka.
- Mund të përdoret Sanger sekuenca ose sekuenca e gjeneratës tjetër.
- Të dyja janë metoda të renditjes in vitro.
- Fragmentet e renditura mund të përcaktohen nga etiketat fluoreshente.
Cili është ndryshimi midis sekuencës së Exome dhe ARN?
Exome vs Sekuenca ARN |
|
| Sekuenca e Exome është sekuenca e grupit të plotë të ekzoneve ose rajoneve koduese të ADN-së të pranishme në një organizëm. | Sekuenca e ARN-së i referohet procedurës së renditjes së acideve ribonukleike (ARN); transkriptomi. |
| Semple Fillimi | |
| ADN gjenomike është mostra fillestare e renditjes së ekzomeve. | ARN është kampioni fillestar i renditjes së ARN-së. |
| Përbërja | |
| Kjo përmban vetëm rajone koduese të ADN-së totale të njohur si Eksonet | Kjo përmban ARN-mRNA / transkriptomë. |
| Radhitja | |
| Ekzistojnë dy metoda kryesore të renditjes së ekzomeve; teknologji të bazuara në zgjidhje dhe të bazuara në grupe. | Sekuenca e ARN-së bëhet nëpërmjet përgatitjes së një biblioteke cDNA duke nxjerrë ARN-në totale ose ARN-në e fragmentuar. |
Përmbledhje – Exome vs Sekuenca ARN
Exome është grupi i plotë i rajoneve koduese të një organizmi dhe teknikat e përfshira në përcaktimin e rendit të saktë të nukleotideve të Exome njihen si sekuenca e ekzomeve. Sekuenca e ARN-së është teknika e përfshirë në përcaktimin e rendit të nukleotideve të ARN-së së një organizmi. Ky është ndryshimi midis sekuencës së ekzomit dhe ARN-së.
Shkarko versionin PDF të Exome vs Sekuenca ARN
Mund të shkarkoni versionin PDF të këtij artikulli dhe ta përdorni për qëllime jashtë linje sipas shënimit të citimit. Ju lutemi shkarkoni versionin PDF këtu Diferenca midis Sekuencës Exome dhe ARN
